枯草芽胞杆菌Bs-916的全基因组分析枯草芽胞杆菌Bs-916的全基因组分析.pdfVIP

中国农业科学 20 11,44(23):4807-4814 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.23.006 枯草芽胞杆菌Bs-916 的全基因组分析 王晓宇，罗楚平，陈志谊，刘永锋，刘邮洲，聂亚锋，于俊杰，尹小乐 （江苏农业科学院植物保护研究所，南京 210014 ） 摘要：【目的】对枯草芽胞杆菌Bs-916 进行全基因组测序，为今后更好挖掘和利用该菌生防潜力提供较多的 分子生物学信息。【方法】通过应用比较基因组学软件与另一测序菌株Bs168 进行全基因组序列分析。【结果】Bs-916 菌株全基因组大小为3 925 958 bp，GC 含量为46.4%，与其它已测序全基因组芽孢杆菌相比，其GC 含量最高； 预测所得CDS 数为4 056 个，152 个串联重复区域，转座子 103 个，IS （插入序列）序列数量37 个， tRNA 46 个， rRNA 39 个；比较基因组学分析其含有8 个NRPS/PKS 基因簇，其中bacillomycin L，macrolactin，difficidin 这3 个基因簇在比较菌株Bs168 中不存在；该菌还含有植酸酶基因、comAPQX 及sfp 等与生防因子相关的基因。【结 论】Bs-916 菌株全基因组含有多种抗菌物质编码基因簇，是一类具有极大生防潜力的典型根际革兰氏阳性菌株。 该菌株全基因组序列的测定及其遗传操作方法的可行性，有利于其次生代谢产物的开发和利用。次生代谢产物具 有潜在的应用价值，有望在未来开发成独特的农业生物工程制剂。 关键词：枯草芽孢杆菌；比较基因组学；共线性；GC 偏好 The Complete Genome Sequence of the Gram-Positive Bacterium Bacillus subtils Bs-916 WANG Xiao-yu, LUO Chu-ping, CHEN Zhi-yi, LIU Yong-feng, LIU You-zhou, NIE Ya-feng, YU Jun-jie, YIN Xiao -le (Institute of Plant Protection, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014) Abstract: 【Objective 】The objective of this study is to sequence the whole genome of Bacillus subtils Bs-916 and provide more information about molecular biology for future mining and utilizing the potential of this strain. 【Method 】 Application of comparative genomics softwares, the whole genome sequence analysis was carried out with Bs168 strains. 【Result 】Bs-916 strains genome is 3 925 958 base pairs comprises 4 056 protein-coding genes. The average GC ratio is 46.4%, the highest compared with other whole-genome sequencing of Bacillus spp.. It contains 152 tandem repeat region, 103 transposons, 37 IS (Insert sequence), 46 tRNA, 39 rRNA. Through