建树分析方法.docVIP

在进行MrBayes分析前,先进行MODELTEST测试nst= MrBayes: 打开.nex文件,将文件开始部分的分类单元删去,注意文件中不要有中文. begin mrbayes; set autoclose=yes; outgroup AMB499; lset nst=6 rates=invgamma; mcmc ngen=1000000 samplefreq=100 printfreq=100 nchains=4 savebrlens=yes startingtree=random; sump burnin=250；sumt burnin=250； sumt filename=TriB.nex.t contype=allcompat burnin=2500; quit; end; ML outgroup Vr AMB499; set criterion=likelihood; Lset Base=(0.3498 0.2613 0.1573) Nst=6 Rmat=(2.7499 15.6247 2.7813) 注：本行数据需要建Model计算出来。 hsearch addseq=random nreps=10; savetrees file=0718nj.tre root=yes brlens=yes; END; 2 Bootstrap Test outgroup Vr AMB499; bootstrap nreps= 10 search=heuristic/addseq=random nreps=10 end; [运算] savetrees file=bootstrapMP.tre root=yes brlens=yes; [保存结果] 打开PAUP里的edit-edit display buffer-save as (保存类型：DOS/windows test format(.nex),文件名。。.txt).结束 MP 首先，在paup软件里打开.Nex文件,执行后，挨个输入以下命令。 Tree outgroup Vr AMB499; hsearch addseq=random nreps=1000; savetrees file=X.tre; contree all/file=Mpstrictcon.tre; pscore all/CI=yes RI=yes RC=yes; 2 Bootstrap Test bootstrap nreps=1000（ML树为10） search=heuristic/addseq=random nreps=10 end; [运算] savetrees file=bootstrapMP.tre root=yes brlens=yes; [保存结果] 打开PAUP里的edit-edit display buffer-save as (保存类型：DOS/windows test format(.nex),文件名。。.txt).结束 3. Partition-Homogenety test（片断同源性检验） begin paup; outgroup ??; charpartition genes=cytb:1-N, 12S: N+1-M(碱基始末),16s:M+1- ???; hompart partition=genes nreps=1000 search=heuristic/addseq=random nreps=2; end; Modeltest 打开paup, 打开原始的nex文件,先定义外群.然后file打开example file 中的model block3执行开始