大分子机构的数学建模-暨南大学翻译组学试验室.PDFVIP

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2018-03-29 发布于天津
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大分子机构的数学建模 ZHANG Gong ZHANG Gong Translatomics Translatomics March 2012 March 2012 大分子机构 (Macromolecular machinery) 3 rRNAs + 55 proteins Glycerol Lactose permease Prokaryotic ribosome (70S) 92 Da 47 kDa 3000 kDa 0.6 nm 4 nm 21 nm 大分子机构承担着细胞内重要的功能许多细胞内的关键过程完全依赖大分子机构 translation transcription translocation 两大类数学建模方法 • 连续模型 (Deterministic model) – 基于物料衡算原理 – 使用微分方程组 – 描述大量微粒的平均行为 • 离散(随机)模型 (Stochastic model) – 离散模拟 – 描述单个微粒的行为 – 通常需要很大的计算量 The basics of deterministic modeling 连续模型基础连续模型基础：物料衡算物料衡算方程: synthesis consumption S dS v v dt synthesis consumption 细胞内常见的动力学方程: • Michaelis-Menten 动力学 (酶促反应) • 结合/解离动力学例子：翻译延伸阶段 Elongation Ribosome factor AA‐tRNA ternary complex (AA‐tRNA‐EF‐GTP) ~70kDa tRNA regeneration passive diffusion