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Shimadzu/Kratos 基质辅助激光离子化飞行时间型质谱仪AXIMA – CFR 应用文集 No. 3 基质辅助激光离子化飞行时间型质谱仪 应用文集 No. 3 Curved Field Reflectron 用于蛋白质酶消解物的分析实例 1. 要点 2. 蛋白质的胰蛋白酶消解产物的Precursor Ion 分析 3. 蛋白质的胰蛋白酶消解产物的PSD 分析 第 1 页共 6 页 吉诺思科贸有 限公司 Genosys Tech-Trading Co., Ltd. Shimadzu/Kratos 基质辅助激光离子化飞行时间型质谱仪AXIMA – CFR 应用文集 No. 3 1．要点 MALDI-TOF MS 被广泛地应用在蛋白质分析领域。除单纯地测定蛋白质的分子量及多肽的质量指纹 图谱外，采用 PSD (Post Source Decay) 的 MS/MS 分析方法是分析多肽结构的有用方法。近年来， PSD 不仅应用在确认多肽的氨基酸序列或翻译后修饰的分析，而且也应用在通过数据库检索分析蛋白质 的特性上。采用Curved Field Reflectron 方式(CFR，曲线场反射方式)的PSD 分析并不是根据碎片离子 的质量改变 Reflectron 电场的设定参数，由于一次可检测全范围的碎片离子使快速分析成为可能。在本 数据集，是经双向电泳分离纯化的 Salmonella typhimurim 其中的一个样品斑点在胰蛋白酶消解后进行 分析举例说明。 2 ．蛋白质胰蛋白酶消解产物的前体离子(Precursor Ion)的分析 图1 所示为 Salmonella typhimurim 经双向电泳分离，针对其中的一个约40kDa 的斑点使用胰蛋白 酶进行在胶消解，分析后获得的谱图。分析前采用 ZipTipC18(纯化柱，Millipore 公司)进行脱盐，基质 采用α-cyano-4-hydroxy cinnamic acid 的0.1% TFA 的50% 乙腈水饱和溶液。 图1：40kDa 斑点的产物母离子 针对图 1 中的产物母体的单一同位素采用检索引擎[Mascot]进行数据库检索。在图 2 显示了检索结 果，结果是OUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA，外层膜蛋白A)作为第一候补被确定。 第 2 页共 6 页 吉诺思科贸有 限公司 Genosys Tech-Trading Co., Ltd. Shimadzu/Kratos 基质辅助激光离子化飞行时间型质谱仪AXIMA – CFR 应用文集 No. 3 第 3 页共 6 页 吉诺思科贸有 限公司 Genosys Tech-Trading Co., Ltd. Shimadzu/Kratos 基质辅助激光离子化飞行时间型质谱仪AXIMA – CFR 应用文集 No. 3 3．胰蛋白酶消解产物的PSD 分析 采用PSD 分析可以从图1 中12 个产物母体获得信息(表1，图3 ~ 7)，然后使用[Mascot]的MS/MS 离子检索功能(Ion Search)进行检索。其结果显示在约40kDa 的斑点上混有Elongation Factor-Tu (EF- Tu) 。根据产物母离子检索结果，进行再分析发现EF-Tu 的存在得分较低(