双软件多参数联合对草鱼同义密码子偏性的分析-中国农学通报.pdfVIP

中国农学通报 2014,30(17):39-45 Chinese Agricultural Science Bulletin 双软件多参数联合对草鱼同义密码子偏性的分析 肖 波，迟晓艳，屈慧鸽，张 莉，王晓洁 （鲁东大学生命科学学院，山东烟台264025 ） 摘 要：密码子偏性分析数据有助于被用来构建高效表达载体，提高外源基因在宿主体内的表达效率。 为了解草鱼密码子使用情况，以便在草鱼中高效表达外源目标蛋白来预防草鱼疾病的发生，应用 Codon W 及CAIcal 软件分析了草鱼(Ctenopharyngodonidella)基因组中的208 个蛋白质的编码序列。通 过分别计算密码子中各个位置的GC 含量、密码子适应指数（CAI ）、有效密码子数（ENc ）、密码子偏爱指 数(CBI)、同义密码子的使用频率、最优密码子使用频率（FOP ）等，分析了草鱼的密码子使用偏性，确定 了草鱼的最优密码子。结果显示，草鱼密码子第2 位的GC 含量明显低于第1、3 位，第3 位表现出对以G 或C 碱基结尾的密码子偏向使用；所确定的23 个最优密码子中，除终止密码子是以碱基A 结尾外，有18 个以碱基G 或C 结尾，4 个以碱基U 结尾。所分析结果既可用于分析草鱼基因的组成结构，了解草鱼的 分子进化状态，又可以通过所获的结果来指导对外源基因进行分子改造，提高外源基因在草鱼中的表达 效率。 关键词：草鱼；同义密码子；密码子偏爱性；最优密码子 中图分类号：Q527 文献标志码：A 论文编号：2014-0492 AnalysisofSynonymousCodonBiasinGrassCarp(Ctenopharyngodonidella) ViacombinedMultiparaMetersusingDoubleSoftWares XiaoBo,ChiXiaoyan,QuHuige,ZhangLi,WangXiaojie (SchoolofLifeSciences,LudongUniversity,YantaiShandong264025) Abstract: Thedataofcodonbiasfacilitatetoconstructexpressionvectorforimprovingtheefficiencyofthe expressionofforeigngenesinhost.Inordertounderstandthegrasscarpcodonusage,andfurthertoefficiently expressthetargetproteininthegrasscarptopreventthegrasscarpdisease,theCodingDNASequences(CDS) of 208 proteinsinthegenomeofgrasscarp(Ctenopharyngodonidella)wereanalyzedusingthesoftwareof CodonWandCAIcal.ThesynonymouscodonbiasinCtenopharyngodonidellawasanalyzedbycalculatingthe contentofG/Catthreepositionsofcodons,theCodonAdaptationIndex(CAI),theEffectiveNumberofCodon( ENC),theAbsoluteFrequencyofSynonymousCodonUsage(AFSCU)，theRelativeSynonymousCodonUsage (RSCU)，theCodonBiasIndices(CBIs)andtheFrequencyofOptimalCodons(FOP),respectively.Theoptimal codonswerealsodetermined.TheresultsshowedthatthecontentofGorCatthepositionofsec