分子模拟技术与实践.PDF

分子模拟技术与实践 分子模拟技术与实践 2014.7.7. 2014.7.7. 分子模拟 分子模拟  什么是分子模拟  分子模拟是在分子模型的基础上用计算机做实验，“计算机实验”  通过模拟微观粒子的运动来计算宏观性质 牛顿力学 温度 量子力学 统计力学等 压力 黏度 分子间的作用模型 传递性质 表面张力 ．．．． 分子动力学程序的一般步骤 分子动力学程序的一般步骤 读入模型参数，模拟控制参数 初始化 能量优化 平衡 数据产出  根据所有分子的当前坐标计算个 避免局部分子重叠， 分子的受力 （位能函数） 并不是动力学模拟  根据受力更新分子的坐标  在此过程中收集用来计算宏观性 质的有关信息 分子模拟的双重性质 分子模拟的双重性质  分子模拟具有理论和实验的双重性质 理论 实验 理论的正确性 模拟方法的选择 模拟参数的正确性 理论的更新 模拟  分子模拟不能完全取代实验 力场模型 k 2 k 2 v E  i (l l )   i (  )   n (1cos(n )) 2 i i,0 2 i i,0 2 bond angles torstion N N   qq i,j 12 i,j 6 i j {4 [( ) ( ) ] }E i,j r r 4r extra i1 ji1 ij ij