红壤荒草地氨氧化细菌富集液16srdna文库的rflp分析土壤学报.pdf

第 43 卷 第 4 期 土 　壤 　学 　报 Vol43 ,No4 2006 年 7 月 ACTA PEDOLOGICA SINICA 　July ,2006 红壤荒草地氨氧化细菌富集液 16S rD NA 文库的 RFL P 分析 1 ,3 1 1 ,2 2 3 1 张丽娜 　曹 　慧 　崔中利 　孙 　波 　李大力 　李顺鹏 ( 1 南京农业大学农业部农业环境微生物工程重点开放实验室 ,南京 　210095) (2 中国科学院南京土壤研究所 ,南京 　210008) (3 南京理工大学化工学院 ,南京 　210094) 摘 　要 　　分析红壤荒草地富集液中氨氧化细菌的种群组成 ,选取氨氧化细菌 16S rDNA 特异性引物序 列 ,利用 PCR 技术对从富集液中抽提的细菌总 DNA 进行扩增 ,并建立了氨氧化细菌特异性的 16S rDNA 文库 。 ( 用酶 Hha Ⅰ和 Rsa Ⅰ对该文库特异性片段进行了限制性酶切片断长度多态性分析 Restriction fragment length polymorphism ,RFLP) ,随机挑选的35 个特异性克隆片段被分成 3 个不同的 RFLP 类型 ,其中优势型占了所有分 析克隆子的94 % ,另两个型各占3 % 。从每个 RFLP 类型中挑取一定的转化子进行测序 ,测序结果经 GenBank ( ) 检索 ,发现在该富集液体系文库中存在大量亚硝化单胞菌属 Nitrosomonas 细菌序列 , 由此推测红壤荒草地中 存在氨氧化细菌 , Nitrosomonas 属细菌能在富集条件下成为优势菌 。 关键词 　　氨氧化细菌 ;16S rDNA 基因文库 ;富集液 ;RFLP ;红壤 中图分类号 　　S15434 ; Q9381 　　　　　文献标识码 　　A 　　氨氧化细菌是一类专性化能自养硝化细菌 ,能 后原位分析红壤中的氨氧化细菌奠定基础 。 够把氨氧化成亚硝酸盐并从中获得能量 ,在 自然界 氮素循环中起着重要作用[ 1] 。氨氧化细菌的分布很 1 　材料与方法 广 ,并在多数环境中被认为是影响硝化作用速率的 主要因素[2 ] 。 11 　材料 土壤中氨的氧化 ,对土壤氮素养分的转化具有 111 　实验土样 　　研究区域位于江西省鹰潭市 重要意义[3 ] 。红壤养分贫瘠 ,氮素含量较低 ,因而氮 余江县 。该区域具有中亚热带温暖湿润的季风气 素转化对红壤地区的农业发展有着现实意义[4～6 ] 。 候 ,年均温为 178 ℃,年均降雨量为 1 785 mm ,且主 由于传统的微生物培养技术的局限性 ,包括氨氧化 要集中在 4 ～6 月 ; 地形为低丘 岗地 , 海拔 350 ～ 细菌在内的多数土壤微生物很难获得分离培养 ,分 546 m ,坡度为 5°～8°;土壤为第四纪红粘土发育的 子生物学能够有效避开上述弊端