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异构集群上的宏基因组基因聚类优化-高性能计算中心-上海交通大学.pdf

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    计算机研究与发展卷期起止页年异构集群上的宏基因组基因聚类优化韦建文许志耿王丙强林新华上海交通大学高性能计算中心上海国家超算深圳中心深圳新加坡摘要宏基因组基因聚类是筛选致病基因的新型方法其依赖于海量的测序数据有效的聚类算法以及高效的计算机实现相关系数矩阵的计算是进行聚类前必须完成的操作占总计算量相当大的比重以某基因库为例包含个样本每样本百万基因的数据单线程运行需要年充分发挥多核的潜力利用加速卡强大的计算能力将程序扩展到多节点集群上运行是重要而迫切的工作本文在仔细分析算法的基础上首先针对单节点和单卡

    计 算 机 研 究 与 发 展 DOI:10.7544/issn1000-1239.2015.******** Journal of Computer Research and Development 卷(期):起止页,年 异构集群上的宏基因组基因聚类优化 1 1 2

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