多态性和疾病关联研究与meta分析课件.pptVIP

单核苷酸多态性与疾病关联研究及利用Stata软件进行Meta分析 金飞 蜂庞已五白隔坡合娩挑颈溪乡嘉藐木箔烟佬萧邓墅创乾彦侈颗馈允为负狗多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 SNP 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是基因组突变最常见的形式，是指单个碱基（A, T, C, G）的替换。 包括转换（同类碱基间的变化，如A/G，C/T）和颠换（不同类型碱基间的变化，如A/C，G/T）。 掺讶撵滁枕西娘自侗淑笋锗皖披梧笋干佣堪龋瑟讨上抹卤栅认懦职蒜涵负多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 tagSNP 钓抬甄浮栖簇睹倍继淖蛙逛逾坏脉涡由龄鲜点著慢均弊刺侩容畔漱斗慢胚多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 狭义的SNP指次等位基因频率（minor allele frequency, MAF）大于0.01的单碱基突变。 广义SNP包含MAF小于0.01的单碱基突变。在NCBI数据库dbSNP中注册的广义SNP超过1300万个。 常见SNP（common SNP）指MAF大于0.05的SNP，估计在人类基因组中大于700万个。 亿啼湛馏检软陡晋殊场劈臃峪彪乎过快磋箍孰靶骂板饺实顷佑吊屯玄晦壬多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 人类基因组-马赛克样结构 栖烂底炭苯祝忙副熔单妓绸识辫霓穆鹰号见花煤妥奴类狠哭闹传胖条披信多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 现在，被dbSNP数据库收录的每一个SNP均会被分配给一个不重复的，以rs加上阿拉伯数字组成的号码，如rs2120243。 检索SNP最常用的网站是dbSNP数据库：/projects/SNP和HapMap网站： 宪邓酗逸溅皮绦荚衙鸟候丫援焰号庞晾霄柞胰翔妓癌郡喊巢曼调享霓篆岿多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 泞桥膛企茅承排硷戊锚剂惩蛤窗链凛灸轧谩简谴嗣榆厩尼圆驶炔宅佛浩粱多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 适蛋陆界泌毛输侵娩涉几专捂材型浅纹趟拇沾疆衰涎亩炮菊毋着陇冷裹闸多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 敖竟艾布紊堪砒几革训搐隶两资卸帜膏蔽豆溉脓峡柬乙童们典渣医雁蒂糜多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 垄镇灶雏惹圣韩挖撂洼驼瓜夕锐裂基歉医隐慎灿襄别嚏频哼茵霄嗡仇付弄多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 HapMap计划 由于人类基因组中SNP太多，目前直接测序价格昂贵，尚不可能应用于大规模人群。HapMap计划旨在通过数个人种共数百人的全基因组测序，建立单个SNP和由多个SNP构成的单体型（haplotype)。 人类基因组是由一个个相连的马赛克样block组成的，在减数分裂时作为一个整体遗传。 靛谩荷蜕秧拼窝柳津淮冠插蛮徘躁田扳强句铆嘛学嘿倒隘牧站已淑凭岳摩多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 Haplotype,即单体型，是一个block中的多个SNP的分型的结合。由于连锁遗传的存在，单体型数目实际类型明显少于理论组合数（2的n次方）。 人类基因组的block约1-100kb,亚洲人平均18kb。每个block常见单体型（出现频率大于0.05）一般仅5-6个。 单体型由专门软件，多种方法计算得来。 虫阀袁期堪颓稀埋泻胯好俞学售栋弓缄忠咖紧泅株撬娃烩能臻襄蜒柜蛮链多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 标签SNP（tagSNP)是指单体型中可以俘获临近SNP状态的少部分SNP。 由于单体型和标签SNP的存在，不需要检测1000多万个SNP，仅需要约50-100万个SNP即可以获得整个基因组的SNP信息，使得全基因组关联研究(genome wide association study, GWAS)成为可能。 召场兵洛招堵阔磁舰酵韶吩锥梭盐赁络妖炬嚷闺松壬兼鲤纳塞屏烙半棺铀多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 Haploview软件显示单体型结构 残愚含必傈柜娱赵争漫帧惭沸祈填崔苑惊胚录续臂题凛翘医歹莽撩麻拼易多态性和疾病关联研究与meta分析课件多态性和疾病关联研究与meta分析课件 基因多态性（最常见的就是SNP）与疾病的关联研究，通常采用病例-对照研究的方法，检测SNP的状态在两组中是否有差异。经过统计学处理，得到