第12讲包系统课件.pptVIP

第十二讲 Bioconductor一系列的包系统，用来处理生物方面的数据;1、Bioconductor是一个开源和开放式软件开发项目。 2、该项目起始于2001年秋季，核心成员是哈佛医学院/哈佛公共卫生学院的Dana Farber癌症研究所生物统计组。 3、Bioconductor软件包 DNA微阵列数据的处理、分析、注释及可视化； 通用分析工具（被广泛用于基因组数据库的分析，如分析基因组序列、SNP数据、SAGE数据、蛋白质组数据等。） ;主页/;安装Bioconductor软件包; 2、安装特定的xxxx包 source(“/bioLite.R”)连到包的数据库中 biocLite(“xxxx”) #biocLite(“affy”)微阵列预处理 3、菜单栏-程序包 设定CRAN镜像 选择软件库 安装程序包 ;4、从本地zip文件安装程序包 (/help/bioc-views/release/bioc/);告愉翅俐仔渔妓醒辊熙菏忌程乘促攫势松教哼硒犯粒步迎编试抨撂绍腮幽第12讲包系统课件第12讲包系统课件;数据库访问(database interaction) Rdbi; RdbiPgSQL; SAGElyzer 图形及用户接口(graphics user interface) widgetTools; tkWidgets; geneplotter; hexbin; limmaGUI; affylmGUI; webbioc 图结构(garphs) Graphs; RBGL; Rgraphviz; SNAData 通用工具(general tools) reposTools; Biobase; Biostrings; DynDoc; Ruuid; ctc; convert; Icense; exprExternal; externalVector 注释(annotation) Annotate; AnnaBuilder; Resourcer; SNPtools; Data packages 基因本体学(ontologies) goTools; ontoTools; GOstats 微阵列数据预处理(pre-processing) affy; affycomp; affypdnm; affyPLM; gcrma; makecdfenv; annaffy; marray; matchprobes; vsn 数据分析(analysis) daMA; edd; factDesign; genefilter; globaltest; gpls; multtest; pamr; MeasurementError.cor; Limma; ROC; Siggenes; Splicegear; RMAGEML 微阵列比较基因组杂交(arrayCGH) aCGH; DNAcopy 蛋白质组学(proteomics) PROcess; Gpls; apComplex;下载包affy,并查看其功能; 1、高密度寡核苷酸阵列 每个微阵列产生一个探针水平数据集，一些探针检测特异的全匹配寡核苷酸(PM)，另一些检测非特异的失匹配寡核苷酸(MM)。 2、cDNA微阵列 每个微阵列产生两个探针水平数据集（红色和绿色通道）;高密度寡核苷酸阵列;cDNA微阵列; 一次微阵列试验能获得细胞在某种条件下的全基因组表达???据,包含成千上万个基因在细胞中的相对或绝对丰度。不同条件（细胞周期的不同阶段、药物作用的不同时间、不同肿瘤类型、不同病人等）下的基因表达数据构成一个GXN的数据矩阵M，其中G代表基因的数目，N代表条件的个数，通常情况下GN。矩阵M的每个元素xij表示第i个基因在第j个条件下的表达水平值。;Analysis of Microarrays;三、高密度寡核苷酸阵列的预处理;预处理概述;1.2任务 图像分析、数据导入、背景校正、归一化、汇总、特定探针校正 ①图像分析(image analysis) 将扫描图像中的像素强度转换成探针水平数据(probe-level data)。 ②数据导入(data import) 因为数据以不同的格式输入，需要有灵活的数据导入方法，数据常位于不同的文件或数据库表中。 ;③背景校正(background adjustment) 被检测的探针强度取决于非特异性杂交和光学检测系统的噪声，通过对观察强度的校正来给出特异杂交的精确检测。 ④归一化(normalization) 对不同来源的不同杂交阵列进行比较(逆转录、加标记、杂交反应的不同效果、阵列的物理问题、反应物批量效应和实验环境),校正系统阵列间的差异。;⑤汇总(s