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第43卷 第2期 江汉大学学报（自然科学版） Vol.43 No.2 2015年4月 J.JianghanUniv. （Nat.Sci.Ed.） Apr. 2015 ClC-0氯离子通道蛋白质空间结构的同源建模 于 涛，朱紫洪，郝栋梁，彭 黎，张 攀，徐 号，郭 旭 （江汉大学 物理与信息工程学院，湖北 武汉 430056） 摘 要：ClC型氯离子通道蛋白质在调节生命体的新陈代谢过程中起着重要作用。在原有蛋白质ClC-ec1晶体 结构的基础上，依据同源建模的原理，借助SWISS-MODEL网络服务器构建了一类重要氯离子通道蛋白质ClC-0 的空间结构，同时对所得结构的合理性进行了分析。通过衡量结构的Z-score值、分析结构的空间坐标波动性以 及利用视图软件VMD将建模的ClC-0结构和模板结构进行比较，发现通过同源建模所得到蛋白质ClC-0的空间 结构符合后续研究的要求，这在很大程度上方便了该类蛋白质的后续计算模拟研究。 关键词：同源建模；氯离子通道蛋白质；SWISS-MODEL 中图分类号：Q51；TP391.9 文献标志码：A 文章编号：1673-0143（2015）02-0111-05 DOI：10.16389/j.cnki.cn42-1737/n.2015.02.003 HomologyModelingofSpatialStructureof CIC-0ChlorideChannelProteins YUTao，ZHUZihong，HAODongliang，PENGLi，ZHANGPan，XUHao，GUOXu （SchoolofPhysicsandInformationEngineering，JianghanUniversity，Wuhan430056，Hubei，China） Abstract：CIC-type chloride ion channel proteins play important role in regulating the metabolism processofbiologicalsystem.OnthebaseofCIC-ec1crystalstructure，inaccordancewiththeprincipleof homologymodeling，usingSWISS-MODELnetserver，constructedthespatialstructureofakindofCIC-0 chloride ion channel protein，and analyzed the reasonableness of the obtained structure. Through measuringtheZ-scoreofthestructure，analyzingthefluctuationofspacecoordinatesofthestructure， andcomparingthemodelingCIC-0structurewithtemplatestructure，discoveredthatthespatialstructure ofCIC-0proteinbyhomologymodelingcompliedwiththerequirementoffurtherstudy，whichmakesthe furthersimulationandcomputationbeeasy. Keywords：homologymodeling；chloridechannelprotein；SWISS-MODEL 0 引言 离子通道是镶嵌在生物体细胞膜上一类重要的蛋白质微小孔道，它在生命体系的新陈代谢过程中 扮演着极其重要的角色。氯离子通道（chlorideionchannel，CIC）是其中极为重要的一类阴离子通道，它 担负着包括盐类离子的跨膜输运、调节细胞pH值、控制细胞体积、调节电脉冲以及可激肌肉细胞的电压 ［1］ 稳定性等重