基于454GSFLX高通量测序的团头鲂ESTs中微卫星特征分析.pdfVIP

第37卷 第5期 水 生 生 物 学 报 Vo1．37．N O．5 2013年 9月 ACTA HYDROBIOLOGICA SINICA Sep．， 2013 doi：10．7541／2013．129 基于 454GSFLX高通量测序的团头鲂 ESTs中微卫星特征分析 曾 聪 高泽霞 ，2 罗 伟 刘 肖莲 王卫民 (1．华中农业大学水产学院，农业动物遗传育种与繁育教育部重点实验室，农业部淡水生物繁育重点实验室，武汉 430070 2．淡水水产健康养殖湖北省协同创新中心，武汉 430070) CHARACTERISTlCSoFM ICRoSATELLITESIN BLUNTSNOUTBREAM (MEGALOBRAMAAMBLYCEPHALA)ESTSEQUENCESUSING454FLX ZENG Cong，GAO Ze．Xia一，LUO Wei，LIU Xiao．Lian’andWANG Wei-M in (1．KeyLab．ofAgriculturalAnimalGenetics，BreedingandReproductionofMinistryofEducation，KeyLabofFreshwaterAnimal Breeding，MinistryofAgriculture，CollegeofFishery，HuazhongAgriculturalUniversity，Wuhan430070，China；2．Freshwater AquacultureCollaborativeInnovationCenterofHubeiProvince，Wuhan430070，China) 关键词：团头鲂：EST-SSR；特征 Keywords：Megalobramaamblycephala；EST-SSR；Characteristics 中图分类号：Q346+．5 文献标识码：A 文章编号：1000-3207(2013)05-0982—07 微卫星或简单重复序列(SimpleSequenceRepeat， 形 目(Cypriniformes)，鲤科 (Cyprinidae)，鲂属 (Megalob— SSR)广泛存在真核生物的基因组 中，因其数量丰富、多态 rama)，俗称武昌鱼，原产于长江中游的一些大中型湖泊， 性高、共显性等特点 】【]，SSR标记被公认为 目前遗传学研 1955年易伯鲁教授在湖北省梁子湖发现并定名为新种 。 究中最令人信赖的分子标记之一，被广泛应用于动植物 其具有食性广、养殖成本低、生长快、成活率高、易捕捞， 的遗传研 究 和 育种 实践 中。其 中，表达序 列标 签 能在池塘中产卵繁殖，且具有味美 、头小、含 肉率高、体 (ExpressedSequenceTag，EST)微卫星(EST．SSR1反映基因 形好 、规格适中等优点，因而在20世纪 60年代就被作为 的编码部分，可 以为功能基 因提供绝对标记，充分反映 优 良的草食性鱼种在 中国普遍推广，现已成为中国主要 基因组功能区域的相似程度。所以它在遗传作图、资源多 淡水水产养殖对象之一。自该鱼被驯养以来，由于选育工 样性 、功能基 因的发现与定位 、物种起源与进化和比较基 作未及时跟上，致使全国各地团头鲂养殖群体先后出现 因组学研究等方面都有重要的利用价值。近年来，功能基 了较为严重的退化现象一生长速度减慢 、性成熟提早 、体 因组学的发展促进了 EST测序工作的开展，而新一代高 形变长变薄等。针对上述问题，上海水产大学李思发教授 通量测序技术更是为 EST测序带来了革命性的变化。与 领导的课题组从 1985年开始，以湖北淤泥湖的团头鲂原 传统的Sanger测序技术相比，新一代测序平台最大的变 种为奠基群体，采用系统选育及生物技术结合 的方法， 化是