日本牙鲆主要组织相容性复合体DAB等位基因的多态性.pdfVIP

动物学报 54(5)：909—917，2O08 Ac￡oZoDZ0gc0Sr￡crj 日本牙鲆主要组织相容性复合体 等位基因 的多态性* 徐 田军 陈松林 田永胜 1．中国水产科学研究院黄海水产研究所，农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室，山东青岛 26607l 2．上海海洋大学生命科学与技术学院 ，上海 2ooo9O 摘 要 根据牙鲆 (P。mfc疣 ofm )主要组织相容性复合体 (MHC)DAB基因序列设计特异性引物，在 日 本牙鲆基因组中扩增 了包括 基因完整外显子2和 内含子 1在 内的长度为4O8bp的DNA片段。对该片段克隆 测序后 ，发现了37个MHc一 B等位基因，各等位基因的频次以及各主型中亚型数 目分布都不平衡。在第二外 显子273bp核苷酸序列中有 50个位点发生变异，核苷酸多样性PI值为O．O6l8，在编码的氨基酸序列中存在多态 变异位点30个，其中简约信息位点29个 ，单变异位点 1个。非同义替代与同义替代的比率在抗原结合区 (PBR) 和非PBR编码区分别为 l0．0和 1．62，分析表明正向选择机制可能是产生牙鲆MHc一 口多态性的主要因素。估 计的核苷酸的转换和颠换数随着遗传距离的增加而增加。各等位基因间的系统发生关系表明，19个主型分为两 个群 。对氨基酸组分和密码子的偏倚性 以及分布频率 的分析表 明各同义密码子的使用频率不均衡 。本研究为牙 鲆 MHc．删曰基因的遗传进化和分子标记辅助育种的研究提供了理论基础 [动物学报 54 (5)：909—917，2o08]。 关键词 牙鲆 主要组织相容性复合体 等位基因 多态性 MHC· allelep0lym0rphism inJapanesen0unders ， D 口 XU Tian．Jun一，CHEN S0ng—Lin ，TIAN Y0ng—Sheng 1．KeyLab rSustainableUtilizati0n0fMarineFisheriesResoufcesoftheMinistryofAgriculture，Yell0w SeaFisheriesResearch Institute，ChineseAcademy0fFisherySciences，Qingda0 266071，Shandong，China 2．C0llege0fAqua—li SeienceandTechn0logy，Shanghai0ceanUniversity，Shanghai 2O0090，China Abstract P0lymorphism ofthemaj0rhistocompatibiljtycomplex (MHC) geneinJapanesen0underP0mZ 0觑珏ce淞 wasinvestigatedusings。quencesanalysis．In h【isstudy，24indiVidualswereselectedt0amplifypartiaIex0n1andintr0I12， completeintron1andexnn2of工MBgene．131sequencesweresubsequentlyusedtoanalyzegeneticv ationandrevealed31 differentsequences，whichpresented3lnovela王lelesbelongingt0l9allelemaj0rypesacc0rdingtoacceptedn0menclamremles． Frequency ofal1elesandnumbers0fsubtypeweren0tdis buted equa1ly．Therewere5Ovariablesites in ex0rl2，theaverage nuⅡ1ber0fnuc1e0tidediversityPIvalueofthewho1esequenceswas0．O618．n1enuc1eotidesequencewascorrespondedwim putative91aminoacidspeptide，32．97％ (3Ooutof91)oftheamin0acidweI_evariabIe，0fwhic