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2017-09-02 发布于天津
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蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响.pdf

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蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响

32 2 Vol． 32 No． 2 卷卷期中国生物医学工程学报 2013 4 Chinese Journal of Biomedical Engineering April 2013 年月蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响邵晨孙伟* (中国医学科学院基础医学研究， 100005) 所北京协和医学院基础学院北京 : ，。摘要在蛋白质组学研究中通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定使用完整性较高但注释不准确的数，， ; ，据库可能能够鉴定到更多的蛋白质但存在数据不准确的风险使用注释准确但完整性较低的数据库则有可能。。漏掉一些数据库中未收录的蛋白如何兼顾蛋白质鉴定结果的完整性和准确性是一个重要的问题本研究以人，， IPI 、UniProt 类蛋白质组为例采用不同质谱仪及不同样品产生的蛋白质组数据比较了常用的数据库数据库和 Swiss-Prot 。，3 ，数据库的检索结果结果表明个数据库在不同的蛋白质组数据中表现各有优劣但总体来讲差异很 ; 、 5% ， 1% ～ 5% 。 3 小每个数据库可鉴定到的特有的多肽数不超过总数的蛋白数的差异为说明个数据库都覆盖，。，、 Swiss-Prot 了常见的人类蛋白序列完整性很高因此推荐采用通过人工注释在不断更新中的数据库作为检索。 Swiss-Prot ( ) 对象当研究目的为鉴定或定量未收录在数据库中的蛋白序列如一些特殊的蛋白异构体或突变体