蛋白质亚细胞定位预测研究综述.pdfVIP

第3l卷第2期 计 算 机 应 用 研 究 Vo1．31No．2 2014年2月 ApplicationResearchofComputers Feb．2014 蛋 白质亚细胞定位预测研究综述 乔善平h ，闫宝强 (1．山东师范大学a．管理科学与工程学院；b．数学科学学院，济南250014；2．济南大学信息科学与工程学院， 济南250022) 摘 要：蛋 白质亚细胞定位预测对于确定蛋 白质功能、揭示分子交互机理、理解复杂生理过程和设计药物靶标 等方面都有很大的促进作用。随着后基因组时代中蛋白质序列数据的指数增长，研究基于机器学习的计算性蛋 白质亚细胞定位预测方法变得越来越重要。为了能够把握该问题的研究状况，从数据集构建、蛋 白质特征提取 与表示、预测算法设计、算法测试和web服务的建立等五个方面对蛋白质亚细胞定位预测的研究进行了综述。 指出了目前该研究领域需要解决的核心问题及难点问题，分析了当前研究中出现的一些新情况，并对将来的研 究方向和研究重点进行 了展望。 关键词：蛋白质亚细胞定位预测；特征表示；算法设计；算法测试；web服务器 中图分类号：TP301．6 文献标志码：A 文章编号：1001—3695(2014)02—0321—07 doi：10．3969／j．issn．1001-3695．2014．02．001 Reviewofprotein subcellularlocalizationprediction QIAOShan—ping’．YANBao-qiang (1．a．SchoolofManagementScience＆Engineering，b．SchoolofMathematicalScience，ShandongNormalUniversity，Jinan250014，China； 2．SchoolofInformationScience＆Engincermg，Universityof ，Jinan250022，China) Abstract：Proteinsubcellularlocationpredictioncanpromotescientiststodeterminateproteinfunctions，torevealhowandin whatkindofcellularenvironmentsproteinsinteractwitheachotherandwithothermolecules，tounderstandtheintricatepath— waysthatregulatebiologicalprocessesatthecellularlevel，andtodiscoverthedrugtargets．Withtheexponentialincreaseof proteinsequencesinthepostgenomicage，themachinelearningbasedproteinsubcellularlocationpredictingmethodsarebe- comingmoreandmoreimportant．Inordertograsptheresearchfocusesonthisfield，thispaperreviewedtheresearchstatusof thisproblem from thefollowingfiveaspects，datasetconsturction，proteinfeaturesrepresentation，predictingalgorithm design， algorithm testingandWebserverbuilding．Itpointedoutthecoreanddifficultpartsinsolvingthisproblem，analyzedtheprob— lemsthathadrecentlyarisen，andprospect