NTSYS软件进行聚类分析——UPGMA实例摘要.PDFVIP

软件进行聚类分析 实例 NTSYS ——UPGMA 第一部分 说明文档 Cluster analysis 聚合分析 NTSYSpc 最常见的使用是对某些相似或相异矩阵进行各种聚类分析。以下是一个批处 理例子；首先，标准化数据矩阵，其次，计算各列之间的距离系数，第三，采用单链路聚类 方法，第四，计算表面值（超度量）矩阵和相关系数，第五，以散点图形式显示结果并同时 输出距离矩阵。 Standardize the variables *stand o=data.nts r=sdata.nts Compute a distance matrix *simint o=sdata.nts r=dist.nts c=dist Do a single-link cluster analysis of the distance matrix *sahn o=dist.nts r=tree.nts cm=single Compute cophenetic values *coph o=tree.nts r=coph.nts Compute the cophenetic correlation *mxcomp x=coph.nts y=dist.nts Display phenogram *tree o=tree.nts Display distance matrix *output o=dist.nts 第二部分 实例解析 如果你的数据集包含量纲不一致的变量，则必须要先经过标准化处理，可以用STAND 组件完成。如下图指明了标准化窗口。Test.nts 文件将被按行(意味着行为变量)标准化，并 输出标准化文件名为teststand.nts 。如果你的变量量纲一致(如，基因序列)或者是定性数据 则不需要标准化处理。 输出结果如下（5 个变量的简单统计） 下一步，相似或非相似矩阵数据集必须要在标准化后的数据集上构建，用来衡量各 OTUS （列）两两之间的相似/非相似程度。我们将遇到的问题将是如何选择参数，而且这 步非常重要。SIMGEND 组件用于分析基因序列类型的数据，SIMQUAL 组件用于分析定性 数据(如，有/无)。下面我们测试的数据将用SIMINT 组件来计算距离矩阵。 结果如下图(显示输入和输出文件注解内容) 现在，我们将用SAHN 模块来执行UPGMA 聚合分析，输入参数如下，注意testTree.nts 为目录树式文件，只有先计算好 OTUs 之间的表象值（空间距离）方可以进行分析和输出 目录树。 一旦分析成功，树形图标将下NTSYSpc 窗口下面显示。 结果仅显示有关输入的参数和信息，点击树形图标将显示如下窗口，如果你有超过 30OTUs，则仅能显示相对应的前30OTUs。右键点击图形打开图形选项窗口，你可以设置 每页显示的OTUs 和在哪页显示。 当然，聚合分析好坏常常取决于聚合分析软件，为了验证聚合分析是否能有效的表示 你的距离矩阵，我们将用COPH 组件把目录树式数据矩阵转换成空间距离(聚合分析软件产 生的隐式距离)，COPH 组件使用如下： 列表仅显示输入文件有关参数信息，下一步用MXCOMP 模块来比较testCoph.nts 和 testDist.nts 文件，MXCOMP 窗口如下： 图形显示如下，可以用图形选项来改变点的背景颜色。 另外，下图通常会列出输入参数和文件的信息： 我们仅感兴趣的部分为矩阵相关(就是所谓的表象相关系数)。概率值我们并不感兴趣， 因为它们是基于两个矩阵文件的独立性比较获得的(确切的说，testCoph.nts 矩阵文件是基 于聚合分析文件testDist.nts 矩阵文件产生的)。