生物信息学题集.docVIP

生物信息学课堂操作练习 一、生物信息学科的发展和研究内容通过下列internet上的自教课程，初步了解不同的数据库和分析工具http://www.ebi.ac.uk/2can/Education 二、 生物数据库1. 熟悉各种数据库。2. 重点了解GenBank和SWISS-PROT所包含的各种功能和适用范围。 三、 关键词或词组为基础的数据库检索1. 熟练掌握Entrez检索体系。2. 查找与水稻抗病基因Xa21有关的资料(1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？(2) exon和intron的位置？(3) 是否有3－D structure数据？ 1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸? 4623b.p., 1025A.a.; 2) exon和intron的位置? Exon: 24~2700,3543~3943 intron: remaining; 3) 是否有3－D structure数据? 没有. 3. 查找C. elegans基因组的资料。(1) chromosome I的测序是否已完成？(2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基？序列发表在哪份杂志上？期号和页码？ 1) chromosome I的测序是否已完成? 完成. 2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基? 序列发表在哪份杂志上? 期号和页码? 15.0724Mb.p..p.), Science 1999 Jan 1;283(5398):35.4. 查看人类基因组第1染色体上基因的分布。 HYPERLINK /mapview/maps.cgi?ORG=humMAPS=ideogr,est,locLINKS=ONVERBOSE=ONCHR=1 /mapview/maps.cgi?ORG=humMAPS=ideogr,est,locLINKS=ONVERBOSE=ONCHR=1 5. 查看Arabidopsis的系谱树，以及Arabidopsis第1染色体上的序列。 比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同 (/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=3701, /mapview/maps.cgi?taxid=3702chr=1) 貌似没什么区别……比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同。6. 与retrotransposon有关的文献资料有多少篇？ 5774, (在pubmed中直接查找关键词, 2009‐3‐28) 与rice retrotransposon有关的文献有多少篇？ 214, (在pubmed中直接查找关键词, 2009‐3‐28) 7 检索我校在2009年1月发表的被PubMed收录的科研论文 Huazhong Agricultural University,29 7. 熟悉SRS检索体系。8. 熟悉DBGET检索体系。 四、 核苷酸和蛋白质序列为基础的数据库检索1. 了解BLAST Frequently Asked Questions的答案。2. 以大麦Mlo基因（Z83834）为查询序列(1) 用Blastn能检索到多少条与Mlo同源的序列？ 与Mlo同源的序列：共找到63条与Mlo同源的序列(2) 在使用Blastn 检索中，如改变E value的阈值，能检索到多少与Mlo同源的序列？ 将E value (Expect threshold)由默认的10改为1时，仍有63条同源序列。若将E值改为5e-19时可以找到61条同源序列。(3) 怎样去掉alignment过程中出现的小写字母？ 这里所说的小写字母就是出现重复序列时被算法筛选后出现的n。将HYPERLINK /Blast.cgi?PAGE=NucleotidesPROGRAM=blastnBLAST_PROGRAMS=megaBlastPAGE_TYPE=BlastSearchSHOW_DEFAULTS=onBLAST_SPEC=LINK_LOC=blasttabLAST_PAGE=blastn \l i Algorithm parameters中的Filters and Masking选项里的Low complexity regions前的勾去掉就可以去掉比对过程中出现的小写的n。 (4) 用PSI－BLAST检索到的与Mlo蛋白同源的序列与用Blastp检索到的同源序列是否有差别？ PSI-BLAST的特色是每次用profile有哪些信誉好的足球投注网站数据库后再利用有哪些信誉好的足球投注网站的结果重新构建 profile，然后用新的profile再次有哪些信誉好的足球投注网站数据库，如此反复直至没有新的结果产生为止。PSI-BLAST先用带空位