生物信息学筛选的合成小肽抑制VEGF诱导小鼠角膜新生血管实验研究.pdfVIP

生物信息学筛选的合成小肽抑制VEGF诱导 小鼠角膜新生血管实验研究 摘要 血管新生，即在预先存在的血管中长出新生毛细血管的过程。它是多种致盲 性新生血管性眼病的共同病理生理基础。血管新生严格地受到促血管因子和抑血 管因子平衡的调控。这种平衡的打破，能够促发血管新生的细胞转导信号，引起 血管内皮细胞的增生、迁移和存活，从而导致病理性的血管新生。血管内皮细胞 生长因子(vascularendothelialfactor，VEGF)，作为复杂的血管新生瀑布 growth 反应的中心介质和强大的通透性因子，是迄今为止唯一被证实仅对内皮细胞特异 性作用的促血管因子，并在血管形成中发挥关键作用。 Kringle结构域是一种由约80个氨基酸组成的保守结构，包含三对二硫键， 是行使生物学功能的独立折叠单元。现已证实，Kringle结构域存在于包括生长 因子、蛋白酶和凝血因子等多种不同功能的蛋白质，如纤溶酶原中。鼬dngle结 构域被认为是首个特异性抑制血管生长的保守结构的组成部分，许多Kringle结 5。 构域能够抑制血管新生，如纤溶酶原ICringle 脂蛋白(1ipoprotein)是血浆中的脂质与特殊蛋白质结合的球状巨分子复合 IV)， 4类似的Kringle区域(Kringle 包含几个随机重复的与纤溶酶原Z_ringle 后面带有一个与纤溶酶原“n西e5同源的IOingleV结构域以及蛋白酶区域。已 有一些研究揭示，apo(a)的这些结构也有类似于纤溶酶原相关Kring；1e结构域的 抗新生血管活性，但apo(a)发挥抗血管新生活性的关键区域尚未得到清楚的阐 明。因此，确定各结构域的抗血管新生活性位点及其潜在机制，对于更深入地认 识包含多Kringle结构的血管生成抑制剂的功能具有重要意义。 出于此目的，我们选择apo(a)中与纤溶酶原K5唯一同源的KV结构域，应 用生物信息学手段分析预测其氨基酸序列的结构和生物学特性，筛选出其中的一 生血管的作用，初步探讨apo(a)抗新生血管活性区域所在，并为进一步开发治疗 眼部新生血管疾病的分子药物奠定基础。 第一部分生物信息学分析筛选小肽 目的：利用生物信息学的方法，对apo(a)KV的氨基酸序列进行分析，预测 其抗新生血管的活性氨基酸位点所在。方法：登陆美国国立生物技术信息中心 (NationalCenterforBiotechnology V”·进入网站中的Standard 序列复合数据库，查询“apolipoprotein(a)krine,le Protein-Protein 开I．．asergene软件包，进入Protean程序，进行抗原性、表面接触性分析和氨基 酸组成分析；打开BioEdit软件包，行氨基酸组成分析和疏水面平均数的计算。 综合分析上述结果。结果：在NRDB蛋白质序列复合数据库中查找得到人apo(a) GNGKGYRGKK apo(a)KV(4227-4327)序列如下：DCMFATTVTGTPCQ YTMNPRKLFD STFmGTNKWAGLEKNYCRNPDGDINGPWC EWAAQEPHRH YCDIPLCASS SFDCGKPQVE KV与纤溶酶原K5含有85％的相同氨基酸残基，91％的相似氨基酸残基(Expect 活性位点。根据上述同源性比较结果，结合apo(a)KV空间结构，以二硫键为界， 4，分别进行生物学特性分析。 将apo(a)KV分成4个肽段，依次为Pept1一Pept 3前段和