1-序列数据的编辑与比对精要.doc

DAN barcoding引物序列COBU：5-TYTCAACAAAYCAYAARgATATTgg-3COBL：5-TAAACTTCWggRTgWCCAAARAATCA-3 （COBL反向互补序列：5-TGATTYTTTGGWCAYCCWGAAGTTTA-3）* 该引物序列对应的片段长度为658bp* 注意：保存分子系统学分析数据的所有文件夹都要用英文命名，因为许多分析软件都无法识别汉字。测序峰图的浏览安装staden-windows-1-7-0.msi后左键双击“*.abl”测序文件可直接查看测序峰图，初步判断测序效果。序列数据的编辑：1. 从GenBank中下载的序列的编辑从GenBank中下载的序列通常包含有许多说明序列特征的信息，而这些信息在序列比对及分析时不仅毫无用处而且还会影响软件对序列的识别，所以必须对这些序列进行编辑，删除多余信息，仅保留序列号及序列（的来源物种）名称、序列及其前面的（””是FASTA文件的标志符号）；若序列名称用来源物种的学名表示，则属名和种名之间不能留空格，要用下划线”_”连接，若种名之后还要加其他符号以便区分同一物种的不同克隆或不同个体来源的序列，也不能留空格，可直接将标志符号加在种名之后或用下划线”_”连接。若序列为从核基因组中扩增出来的线粒体功能基因的假基因，应在序列标示符中用“Ps”或其他标识符号标明。例如：gigb|AY042337.1| Alpinacris crassicauda AC28 cytochrome oxidase subunit I (COI) gene, partial cds; mitochondrial gene for mitochondrial productTACCAGGATTTGGTATTATTTCACATATTGTATGTCAAGAAAGTGGAAAAATTGAATCATTTGGAACATTAGGAATAATTTATGCTATATTATCAATTGGACTAATAGGATTTATTGTATGAGCACATCATATATTTACAGTAGGAATGGATGTTGATACACGAGCATATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCTGTACCAACAGGAATTAAGGTTTTCAGATGACTAGCAACATTATATGGAACAAAATTCAAGTTTAACCCCCCATTATTATGAGCTCTTGGTTTTATTTTNTTATTNACAATTGGGGGATTAACTGGATTAGTATTAGCAAACTCATCNCTTGATATTGANCTTCATGANACTTACTATGTTGTTGCCCACTTCCATTATGTATTATCTATAGGAGCGGTATTTGCAATTATAGGAGGNATTATTCAATGATACCCNTTATTTACCGGNTTAACTATAAACAATCCNTGATTAAAAATTCAATTCNCAATTATATTTATTGGAGTAAACTTAACTTTCTTNCCCC 编辑之后的形式为： AY042337_Alpinacris_crassicauda1TACCAGGATTTGGTATTATTTCACATATTGTATGTCAAGAAAGTGGAAAAATTGAATCATTTGGAACATTAGGAATAATTTATGCTATATTATCAATTGGACTAATAGGATTTATTGTATGAGCACATCATATATTTACAGTAGGAATGGATGTTGATACACGAGCATATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCTGTACCAACAGGAATTAAGGTTTTCAGATGACTAGCAACATTATATGGAACAAAATTCAAGTTTAACCCCCCATTATTATGAGCTCTTGGTTTTATTTTNTTATTNACAATTGGGGGATTAACTGGATTAGTATTAGCAAACTCATCNCTTGATATTGANCTTCATGANACTTACTATGTTGTTGCCCACTTCCATTATGTATTATCTATAGGAGCGGTATTTGCAATTATAGGAGGNATTATTCAATGATACCCNTTATTTACCGGNTTAACTATAAACAATCCNTGATTAAAAATTCAATTCNCAATTATATTTATTGGAGTAAACTTAACTTTCTTNCCCC* 假基因序列编辑后的形式为：增加“Ps”标识以便选择使用序列时正确识别区分，假基因序列一般不可用于系统发育分析，但可用于学生练习判别假基因的方法。EU589072_Ps_Locusta_migratoriaATGAATAAACAATATAAGATTTTGACTGTTACCA