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遗体HEREDITAS(Beijing)2010年3月，32(3)：219—228 ISSN0253．9772 综述 www．chinagene．cn DoI：10．3724／SP．J．1005．2010．00219 互作用 李敏俐1，王薇1，陆祖宏1，2 1．东南大学生物电子学国家重点实验室，南京210096； 2．东南大学儿童发展与学习科学教育部重点实验室，南京210096 摘要：染色质免疫沉淀(chromatin 点以及发展趋势，重点讨论了ChIP—Seq数据分析方法及相关的应用实例。 关键词：基因组：ChIP—Seq；ChIP．chip Genomicof interactionchromatin analysisDNA-proteinby immunoprecipitation LI Min．Lil，WANGWeil，LU Zu．Hon91，2 Abstract：Chromatin alleffective to theinteractionsofDNA techniqueanalyze immunoprecipitation(ChIP)is binding withthe invivo．ChIP with proteins genome coupledhi曲densitymicroarray(ChIP-chip)Orhigh-throughputsequencing data toallowthe ofanetwork thecellular amountof and (ChIP·Seq)hasgeneratedlarge expected development describing as reviewedthe wellastheir ChiP,CMP-chip，andChiP-Seqtechniques transcripfionalregulation．Here，we perspectives． Focusis todata andthe and ofChiP—SeqapplicationsofChiP-chipChIP-Seq． given analysis Keywords：genome；ChIP··Seq；ChIP-·chip 真核生物基因组DNA以染色质形式存在，研究 tors)相互作用的结果。基因组DNA的甲基化、组蛋 蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明 白甲基化、乙酰化和磷酸化修饰，核小体重新定位 真核生物基因表达调控机制的基本途径。生物体内基 及染色体结构重建都影响调控。转录调控具有细胞 因表达调控主要发生在转录过程中，转录调控是顺 类型、发育阶段和外界环境刺激的差异性，哺乳动 物转录调控序列分散在较大区域，组蛋自修饰状态 式作用元件(Cis．actingelements)女[1启动子(Promoter)、 fae· 达100多种，这些因素都增加了转录调控的复杂性。 增强--子(Enhancer)与反式作用因子(Trans．acting 收稿日期：2009-06—23；修回日期：2009-08—27 基金项目：国家自然科学基金项目(编号资助 作者简介：李敏俐(1972一)，女，硕士，研究方向：基因组学。Tel：025E-mail：lml@seu．edu．Cll 王薇(1
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