沪农灵芝1号全基因组分析和演化比较.pdfVIP

食用菌学报@2016．23(2)：1～5 DOI：10．16488／j．cnki．1005—9873．2016．02．001 沪农灵芝1号全基因组分析和演化比较 龚明，鲍大鹏，唐传红，张劲松’ (上海市农业科学院食用菌研究所，农业部南方食用菌资源利用重点实验室，国家食用菌工程技术研究中心， 国家食用菌加工技术研发中心，上海市农业遗传育种重点开放实验室，上海201403) 摘要：对“沪灵芝”(G口nDderm口比c谢“mSH)等23个真菌物种进行全基因组系统发生分析，进一步选取其 中具有代表性的物种进行比较基因组学分析。全基因组系统发生分析和分子钟估计结果显示，沪灵芝分化时 间(8．75百万年前)明显晚于灵芝属分化时间(180百万年前)；基因家族尺寸和直系同源基因数目分析显示， 与另外参试灵芝菌种相比沪灵芝基因家族具有一定的收缩趋势；进一步对基因家族数目进行比较的结果显 示，沪灵芝逆转录酶家族发生了显著扩增。GO功能分析提示沪灵芝逆转录酶家族的功能富集主要为核酸结 合功能和酶的催化活性。 关键词：灵芝；全基因组分析；分子钟；基因扩增；GO功能分析 灵芝(G伽D如rm口地cid“m)作为我国传统中药，在民间已有上千年的应用历史。现代药理学研 究表明灵芝主要含有多糖类和三萜类等活性物质，具有免疫调节、抗肿瘤、抗放射线与化疗药引起的 损伤、镇静、强心及抗心肌缺血、保肝、降血糖、抗氧化和清除自由基以及抗衰老作用等[1‘3]。过去，灵 芝的药用部位一般为子实体，上世纪80年代始灵芝担孢子逐渐发展成药用材料[2]。近年来，随着人 工栽培技术和孢子破壁技术的发展以及灵芝孢子生物活性成分、药理作用、加工方法的研究逐步深 入，灵芝孢子粉的药用价值越来越多地被人们所认识，具有高产灵芝孢子粉的菌株更成为市场优先采 用的品种，其需求量逐年递增。上海市农业科学院食用菌研究所选育的“沪农灵芝l号”(简称沪灵 芝)菌株具有抗逆性强、产量高、质量好等优点[4]。为了进一步扩大其在医药保健领域的应用，有必要 在基因组层面分析其分子特征，以准确揭示其特异性的本质。随着多种灵芝食用菌，特别是“沪农灵 芝1号”全基因组测序完成，使得利用比较基因组技术和分子演化手段系统研究沪灵芝的分子特征成 为可能。 1材料与方法 1．1数据来源 双孢蘑菇(A弘ric“s 6i印D，-“J)、黑曲霉(A哪喇ZZ“sn船，．)、皱木耳(AH，．fc甜勉，-肠de“∞纪)、灵芝 (G．ZMcfd“m JGI)、双色蜡蘑(L口cc口rin (P砌ne，Dc砌e陀c．Iz，声D印orfMm)、糙皮侧耳(PkMrof“s 病菌(P“ccf凡f口gmmin话)、酿酒酵母(勋cc砌rD，，lycescPrev涮口e)、裂褶菌(＆忍izD础yfZ“mcDmm“凡e)、 JointGenome Institute)数据库。 白色念珠菌(国ndi如口f6ic锄s)、粗球孢子菌(CDccfd汤jdes im，，lⅢs)、灰盖鬼伞(CDp一凡D筘如 收稿日期：2015—11—13原稿；2015—12—22修改稿 基金资助 作者简介：龚明(1978一)，男，2011年毕业于南京大学，博士，助理研究员，主要从事食用菌遗传研究。 。本文通讯作者E-mail：lilysearch@163．com 万方数据 食用菌学报 第23卷 cm跚)、玉米黑粉菌 cjnerea)、新型隐球菌(Cr)，pfDcDccMsneo：厂orm口凡s)、粗糙脉孢菌(^k比r∞即m (矾fiZ口gD Institute数据库。 m口归括)的全基因组数据取自Broad 京灵芝(G．地c汜HmBJ)基因组序