tmhmm.slides.pdf

穿膜结构预测工具 TMHMM 的 原理和思想 李昱璋 2014/5 　　申明：本材料仅用于课堂展示及讨论，若干示例和数据都只为讲解思想和方法而特意编造，无任何科学依据；请慎思明辨。 为何要预测穿膜结构？ ● 深层次特征 ● 不相同的进化压力 ● 结构与功能： 预测生物大分子结构是生物学的梦想 结构昂贵、序列价廉、膜蛋白与众不同 怎样预测穿膜结构？ 理想的状况是这样的： sp|P32249|GP183_HUMAN G-protein coupled receptor 183 ... MDIQMANNFTPPSATPQGNDCDLYAHHSTARIVMPLHYSLVFIIGLVGNLLALVVIVQNR KKINSTTLYSTNLVISDILFTTALPTRIAYYAMGFDWRIGDALCRITALVFYINTYAGVN FMTCLSIDRFIAVVHPLRYNKIKRIEHAKGVCIFVWILVFAQTLPLLINPMSKQEAERIT CMEYPNFEETKSLPWILLGACFIGYVLPLIIILICYSQICCKLFRTAKQNPLTEKSGVNK KALNTIILIIVVFVLCFTPYHVAIIQHMIKKLRFSNFLECSQRHSFQISLHFTVCLMNFN CCMDPFIYFFACKGYKRKVMRMLKRQVSVSISSAVKSAPEENSREMTETQMMIHSKSSNG K 怎样预测穿膜结构？ #2 现实的状况是这样的： W1 W9 W17 W26 TMHMM 是怎么做的？ 1. 穿膜蛋白拓扑结构规则 2. 马尔科夫链 隐马尔科夫模型 (HMM) 拓扑结构规则 只考虑 α-helix 不考虑 β-barrel TMHMM 也只预测 α-helix “ 元件”连接示意图 马尔科夫链 日期 天气 Today\Tommorow .8 .05 .15 6 月 1 日 .2 .6 .2