核酸与分子建模及结构表达启动子强度预测-重庆大学学报.PDFVIP

2003年 7 月 重 庆 大 学 学 报 Ju1．2003 JournalChongqing of Universig Vo1．26 No．7 第 26卷 第 7期 ． 文章编号 ：1000—582X(2003)07-0063-03 核 酸 与分子 建模 及结构表 达启 动子 强度预测 ‘ 李 波 ，仇 亮 加 ，李劲 为 ，叶 楠 ，李志 良 ·2 (1．重庆大学 化学化工学院，重庆 4OOO44；2．重庆大学 生物工程教育部与重庆市重点实验室，重庆 摘 要：从核酸分子的一级结构出发 ，基于分子 中原 子间距 离及各原 子电负性 ，构建 了能描 述核 酸 分子结构的系列参数 ：分子电性边数 矢量简称分子 电边 矢量。据此对 38个脱氧核糖核酸 (DNA)启动 子序 列的强度进行 定量结构活性相关(QSAR)及定量序列活性模型(QSAM)研究，取得 良好 结果。与其 它方法相比，分子 电边矢量具结构分辨率高、活性相关性好、计算简便 等特点 ，可望应用于生物大分子的 结构表 征 及 活性 预 测 。 关键词 ：定量构效相关 ；定量序效模型(QSAM)；分子 电边矢量 ；脱氧核糖核酸 ；启动子序列 中 图分 类号 ：PO45．1；R927．2 文献标 识码 ：A 举世瞩 目的人类基 因组计划u 启动和实施 ，取得 E=∑ ：l alI( q~)／do．oc(qi )／d (1) 了惊人成绩 。一个崭新的称为后基因组或功能基 因组 其 中 q1．qj分别表示第 i、第．『个原子 的相对电负性 ，d 和蛋白质组 的时代 已到来。新近以不同常规于碱基对 表示 i√两原子间的相对距离。一般来说 ，原子 间的距 的氢键作 用模 式 的新 型碱基对 已有开发呤】。现 在一 离相隔越远 ，其相互作用就越弱 ，因此距离一般取到相 种定量构效关系(QSAR)新模型称为定 量序列活性模 隔 30键联距离就足够了。现以一种脱氧核糖核酸启动 型(简称定量序效模 型 QSAM)[2-31业已提 出，其原理 子序列片段为例 (其碱基 A腺嘌呤 C胞嘧啶 G鸟嘌呤 是核酸(DNA，Pd~A)或多肽与蛋 白质序列可 以表征为 T胸腺嘧啶 U尿嘧啶与有关 ACGT片段结构隐氢图见 一 个行矢量即一个数字序列描述子 ，并构成所谓校正