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ImageJ 入门 by tree_cmu 2011-10-20 1 Image J 是什么？ ImageJ 是一个基于 java 的公共的图像处理软件，它是由 National Institutes of Health 开发 的。可运行于 Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和 Sharp Zaurus PDA 等多种 平台。其基于 java 的特点， 使得它编写的程序能以 applet 等方式分发。 ImageJ 能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印 8 位，16 位，32 位的图片， 支持 TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS 等多种格式。ImageJ 支持图像栈（stack）功能，即在一个 窗口里以多线程的形式层叠多个图像， 并行处理。只要内存允许，ImageJ 能打开任意多的图 像进行处理。除了基本的图像操作， 比如缩放，旋转， 扭曲， 平滑处理外，ImageJ 还能进 行图片的区域和像素统计， 间距，角度计算， 能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。[1] 2 ImageJ 可以做什么？ 概括一下，主要分为以下几个方面： A) 图像的区域和像素统计（大小）。长度，角度。 阳性点密度和数量 B) 光密度或辉度，并制备密度直方图和线性图。 C) 两种蛋白共定位的程度（丁香园有篇专门介绍帖子 /bbs/threadkeywords=image%20J D) 卷积，Sholl 分析，傅里叶分析（这些还不会使用） E) 更多功能 3 Image 界面[2] 界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。 菜单栏 菜单栏从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。 文件和 office word 等软件类似，主要有文件打开，关闭，保存等功能，比较特殊的一个 功能是恢复功能（revert），可以直接回到上次保存过的状态。由于编辑菜单里的取消功能（undo） 只能回退一步，所以 revert 有时会很有帮助。 编辑 Undo, Cut, Copy, Copy to system, Paste, Paste Control.., Clear, Clear Outside, Fill, Draw, Invert, Selection, Options. 图像 Type（可改变图片格式，如彩色变灰度）, Adjust, Show info, Properties, Color, Stacks, Hyperstacks, Crop, Duplicate.., Rename, Scale, Transform, Zoom, Overlay, Lookup Tables. 处理 Smooth, Sharpen, Find Edges, Find Maxima, Enhance Contrast, Noise, Shadows, Binary, Math, FFT, Filters, Batch, Image calculator, Subtract Backgroud, Repeat Command. 分析 Measure, Analyze Particles, Summarize, Distibution, Label, Clear Results, Set measurements, Set Scale, Calibrate, Histogram, Plot Profile