群体遗传学研究中的数据处理方法.pdfVIP

生物多样性 　2002 , 10(4):438 ～ 444 　 　 　 　 　 　 　 Biodiversity Science 群体遗传学研究中的数据处理方法 Ⅰ . RAPD 数据的 AMOVA 分析 张富民 　葛 　颂 ＊ (中国科学院植物研究所系统与进化植物学重点实验室 , 　北京 　100093) 摘要 :近年来 , RAP D 数据和 AM OVA 分析广泛地应用于群体遗传学和保护遗传 学研究 。 然而 , 由于 RAPD 标记具 显性特点 , 加上目前进行 A MO VA 分析所依赖的 RA PDistance 软件不 完善 , 使得对 RAP D 数据 进行 A M OVA 分 析 时存在许多不足 。 本文介绍了 AM OV A 分析的基本过程 , 同时引入一个新的程序 DCFA 用以替代 RA PDistance , 并 详述 了将 DCFA 与 W INA MO VA 联用 , 对 RA PD 数据进行 A M OVA 分析的具体 步骤与注意 事项 。 最后 , 以产自 中 国和 巴西 8 个 普通野生稻(Oryza ru fipogon)天然群体为例 , 演示了 对 RA PD 表 型数据 进行 AM O VA 分析 的过程 , 讨论了 A M OVA 分析结果在群体遗传结 构上的 意义 。 通过 对 AM O VA 算法 的分析 , 同 时比较 4 种 距离系 数所 得 A MO VA 结果 , 我们认为在进行 A MO VA 分析时选择 N EI-LI 距离和欧氏距离平方较为合适 , 而目前 国内使用较 多 的 JACCA RD 系数不适合 AM O VA 分析 。 关键词 :群体遗传结构 , RAPDistance , DCFA , 进化距离 中图分类号 :Q 347 　　　文献标识码 :A 　　　文章编号 :1005-0094(2002)04 -0438 -07 Data analysis in population genetics.I .analysis of RAPD data with AMO- VA ZHANG Fu-M in , GE Song ＊ Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany , Institute of Botany , Chinese Academy of Sci- ences , Beijing 100093 Abstract :Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)data have been increasing ly used in studies on population and conservation genetics .Analysis of molecular variance (AMOVA)has become one of the important methods utilized in analy sis of population genetic structure .Currently , WINAMOVA is the most popular softw are that is used for AMOVA analysis , and often runs together with RAPDis- tance , a software to calculate genetic distances.However , cautions should be taken w hen AMOVA analy sis is used to process the RAPD data because of the dominant characterist