QTL定位的原理和方法范本.ppt

第三章 QTL定位的原理和方法;*;QTL是什么？;为什么要定位它？;QTL定位的基本原则;QTL定位的关键;;*;第一节 LA定位（连锁分析定位）;linkage analysis ;单标记分析; 是总平均； 和 是加性和显性效应； 是标记和QTL之间的重组率。;来自近交系的回交群体的标记和QTL概率;单标记分析的缺点;区间定位;Haldane作图函数;标记和QTL概率;数据分析;最大似然法分析;似然率检验（LRT）：;最小二乘分析;LS和ML的比较;似然率检验和F检验的比较： 对一个QTL，如果残差呈正态分布，则LS和ML估计是相同的； 对一般情形，关系变为： 大部分QTL定位分析结果显示LS获得与ML极端近似的结果。;基因组扫描;*;多次检测问题;伯努利校正;Permutation test;Permutation test的具体步骤：;FDR(false discovery rate);FDR(false discovery rate);LOD下降支撑区间（LOD drop support interval）;例如： 95%的QTL置信区间对应的检验统计量下降3.84； 1 LOD下降对应97%的QTL置信区间； 2 LOD下降对应99.8%的QTL置信区间；;*;Bootstrap置信区间;QTL位置估计的置信区间;预测置信区间;统计能力（Statistical power）;为什么要计算检测能力？;完全连锁标记统计能力的计算理论;P(T);Rejection of H0;Impact of ? alpha;Impact of ? effect size, N;影响检测能力的重要因素;完全连锁标记统计能力的计算;F2设计： ;对于合理的样本大小和小的QTL效应，要求的 t 值为: ;;BC和F2设计的合理样本大小之比为：;考虑两种设计阈值的变化：;*;如果连锁不完全（ ），且使用单标记分析：;为了增加QTL检测能力，可以增加判型的个体数目或标记密度；两者之间花费依赖于标记的成本与获得个体表型成本之间的比率。 ;增加检测能力的方式;精细定位QTL的群体设计;Fine Mapping Strategies;重组近交系（Recombinant inbred lines RIL）;深度杂交系（Advanced intercross lines AIL）;Advanced intercross lines (AIL);AIL要保持一定的群体大小； AIL相对于F2使重组近似增加 ，置信区间为： AIL能定位几个QTL或多个QTL到1—5cM。;Locus-based strategies: Selective phenotyping (SPh);Requires only 2 generations . Requires very large samples . ;SPh - Experimental results;重组后裔检验（Recombinant progeny testing）;Recombinant progeny testing;Interval-specific congenic strains区间特异同源异基因品系;Interval specific congenic strains (ISCS);Recombinant inbred segregation test (RIST);Each selected RIL is backcrossed to each parent and then the BC1 is selfed and grown out for phenotypiing and genotyping in the QTL region. Because the QTL was previously mapped to this region, the BC to one of the parents will segregate while the other will not; thus, indicating whether the gene controlling the QTL is above or below the breakpoint. The overlapping results of the various RILs will narrow the QTL interval. - Requires only 2 generations. Few individuals required;- Requires RILs with recombinations in region of interest . ;RIST -