Genbank,EMBLE,DDBJ.doc

一 前言 Genbank核酸序列数据库是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列。EMBL数据提交方式主要有三种，即通过Webin、Sequin或 Data Submission Form三种方式提交数据，目前EMBL数据库已停止接受email格式的提交方式。日本DNA数据库DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一。 二 本论 2 Genbank简介 Genbank核酸序列数据库是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。 2.1GenBank的序列提交 提交序列有两种方式，一个是在线的页面提交序列bankit，另一个是通过NCBI的Sequin软件提交序列。Sequin也是一种很好的利用了NCBI数据模型ASN.1编辑工具。 BankIt 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件，适合于独立测序工作者提交少量序列，而不适合大量序列的提交，也不适合提交很长的序列，EST序列和GSS序列也不应用于BankIt提交。BankIt是一系列表单，包括联络信息、发布要求、引用参考信息、序列来源信息、以及序列本身的信息等。并且在提交前用 VecScreen 去除载体。 进入GenBank /genbank/ 点击BankIt 2、在BankIt使用的时候先进行注册，点击右上角的Sign in to NCBI,在如果使第一次使用点击Register for an account, 如果已经创建用户名则输入用户名、密码登录。 3、登录账号后点击New Submission 4、填写姓名、住址、电话、邮箱等基本信息， 点击Continue 5、得到序列的存取号，填写发布要求、引用参考信息、序列来源信息、以及序列本身的信息等。 5. 6、Sequencing Technology 测序技术 如果你提交超过500个序列或者如果序列利用新一代测序技术产生此信息是必需的。 选择你获取这些序列的方法 7、Nucleotide界面： 选择序列合适公布 选择是否在此提交ONLY16S核糖体RNA的数据，然后选择Molecule Type分子类型、Topology拓扑结构、Genomic completeness基因组的完整性；填写上提交序列的数目，最后是可以直接提交所有的序列或者是提交已经准备的FASTA文件。 8、Set/Batch 9、Submission Category提交分类 说明你的序列是原始的或第三方的注释提交 10、Source Modifiers来源修饰符 Organelle/Location细胞器/定位 11、PCR Primers (Optional) PCR引物（可选） 12、Features (Overview) 特点（概述） 功能的添加可以通过添加列表上传或直接输入添加，可选其中一种方式。 13、Review Submission评论提交，检查完之后进行提交。 输入rice，单击search，得到下图 如果使批量下载则点击多个结果前的方框即可，如果下载一个只需要选择一个条目，选择完了之后就点击右上角的Send to，然后选择合适的格式即可。 2.3 Genbank返回结果含义 完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等子段建立的，用于数据库查询。 LOCUS 代码：所有的开始于LOCUS行，图中 LOCUS名称为序列代码NR_073583 ,序列代码开始于一个英文字母，总长度不能超过10个字符，第二个字符以后可以是数字或字母，所有字符均要大写。序列长度DNA或RNA。最后的是数据公开日期12-JAN-2013。 DEFINITION行（也称为“DEF”行）总结记录的生物意义。 ACCESSION检索号：是数据库中检索一个记录的主要关键词GenBank记录都只有一个ACCESSION行，而且一般只有一个检索号，称为主检索号码，图中为NR_073583。 VERSION 版本：检索号为NR_073583，gi号为441