[常用科研软件.docVIP

在互联网上，有很多软件可以解决对单个基因进行研究的分子生物实验人员从立项到最后写论文的实际问题。本文提供了对相同作用的很多软件进行比较后推荐给一线实验人员使用的Windows应用软件。本文不介绍对多基因甚至基因组序列进行分析的辅助软件。 一、资料收集整理阶段。本阶段需要查找某个项目专题的文章,并写出对该专题的综述,以便对自己所要做的课题的现状有一个基本的了解。 推荐软件：Reference Manager 9.0 优点：可以在线通过查找关键词有哪些信誉好的足球投注网站PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,保存查找的资料为本地文件。资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时点击一个键就可以到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，插入引用，并在文章中对引用格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。导入Endnote的数据库，可以作为本地资料管理软件。 缺点：没有非常明显的缺点。 同类参考软件：Endnote 3.1.2 二、序列分析、实验设计模拟阶段。 序列分析包括基本序列分析（限制酶分析、结构域(motif)查找、引物设计）、序列比对（Alignment）、contig拼装、二级结构预测等方面。其中大部分分析在本阶段进行，小部分在实验过程或最后结果分析中进行。 本阶段分析的项目包括限制酶分析、引物设计、序列比对、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、克隆策略图谱、三维结构显示等方面的内容。 1、 合性软件。这类软件要求对本阶段上述的大部分功能均具备，而且这类软件在一些专项分析上仍有绝对优势。 推荐软件：Vector NTI Suite 6.0 优点：不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）-分析-结果（显示、保存和入库）三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、加以注释，输出高质量的图像。Vector NTI Suite还有以下独立的分析程序，完成相关分析。这些独立的程序，可以通过选定-分析-结果三步调用。 l 3DMol－显示PDB格式分子的三维结构 l Align X－序列相似性比较 l Align Xblocks－序列局部完全相同比较 l BioPlot－几十种核酸蛋白序列分析、理化性质分析 l ContigExpress－将小片段拼装成长序列 l GCGConverter－GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search－有哪些信誉好的足球投注网站PubMed、PDB、GenBank l Back Translation－核酸-蛋白-核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor－矩阵数据编辑 l Tools Manager－连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。 同类参考软件：DNASTAR 4.03 Omiga 2.0 DNASIS 2.5 DNATools 5.1 2、 制酶分析。可能是最简单的功能了，用普通的文本有哪些信誉好的足球投注网站也能找出相应的序列位点。正因如此，我们希望软件在结果输出上有更完美的表现。另外几乎所有的软件都没有考虑在酶切位点前应该有保护碱基，所以该分析通过，并不能在实验中总能通过。 推荐软件：DNAssist 1.0 优点：作为序列基本分析项目，能进行限制酶分析的软件很多，但很少有软件成为合格的限制酶分析软件。原因是大多软件只对线性序列进行分析，对cNNNNN…NNNgaatt环状的序列就找不出EcoR I的位点。这个软件能非常简单地达到这个目的把这个EcoR I位点找出来的软件。DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有列表方式，列出有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）、没有的位点。 缺点：显示结果是黑白的，不是非常亮丽。 同类参考软件：Primer Premier 5.0 Vector NTI Suite 6.0 其他多种软件 3、 引物设计。引物设计一般包括用于检测和用于进一步分子操作的引物。其中用于分子操作的在原来序列上设计，加上接头和保护碱基。但几乎所有软件都没有考虑接头和保护碱基的设计。因此能否对假定的引物进行各种属性的分析，参考各种结果，最后找到合适的引物序列便成为选择软件的最关键。 推荐软件