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Molecular design breeding aims the simulation and optimization of the breeding procedure, including the best target genotypes to meet various breeding objectives in various ecological regions, and the most efficient crossing and selection strategies identifying the best target genotypes. * * 灰色: 与青六矮相同 红色: 与青六矮之间存在多态性 黄色：杂合状态 黑色：信息缺失 育种中的位点变化(700 SNPs) 对黄华占与双桂36杂交群体的分析 材料名 双桂36 黄华占 审定年份 1986 2005 生育期 135-140天 129-131天 株高 83-92cm 93.8-102.8cm 亩有效穗 25.7万 21.4万 穗长 19.7cm 21.8cm 结实率 83.5% 86.8% 每穗总粒数 87.3 147 千粒重 23.8g 22.2g 米质 非优质米 优质米 亲本重测序分析 双桂36与黄华占之间的SNP分布图 SNP在基因组上的分布 SNP位点测序覆盖率 SNPs(bases=5) SNPs(bases=4) SNPs(bases=3) SNP数目 75860 17572 15107 用于芯片定制的384 个SNPs 基于GenomeStudio对基因型进行分析 AA BB AB 230 个有效 SNPs 杂交群体基因型 用于芯片的384个SNP位点的背景信息分析 0.6 0.6-0.7 0.7-0.8 0.8-0.9 0.9-1 Chitest No calls 10 2 8 3 4 0.000207 No SNPs 17 3 3 3 15 2.31E-08 Other failures 11 5 23 27 20 0.260037 Successful SNPs 8 4 44 82 92 0.000354 Total 46 14 78 115 131 表2 基于Illumina分值 表1 基于SNP测序覆盖次数 4 5 6 7 8 =9 Chitest No calls 2 5 5 5 1 9 0.799582 No SNPs 9 10 13 1 1 7 4.07E-07 Other failures 9 10 14 14 12 27 0.293422 Successful SNPs 4 27 27 34 23 115 0.016209 Total 24 52 59 54 37 158 育种中的背景选择 高密度的SNP检测平台对于育种中的背景选择至关重要！ SNP检测在分子设计育种中的作用 小 结 分子标记基础知识 SNP基础知识 水稻SNP数据挑选 不同通量的SNP检测技术 水稻SNP检测平台的初步应用 致 谢 合作团队 周少川 （广东农科院） 黎志康 （中国农科院） 张启发 （华中农大） 陈良碧 （湖南师大） 经费支持 农业部 科技部 盖茨基金 邓兴旺 何航 邹艳娇 陈伟 于仁波 刘霞 杨洋 陈昊 北大邓兴旺团队 谢 谢！ 人有了知识，就会具备各种分析能力， 明辨是非的能力。 所以我们要勤恳读书，广泛阅读， 古人说“书中自有黄金屋。 ”通过阅读科技书籍，我们能丰富知识， 培养逻辑思维能力； 通过阅读文学作品，我们能提高文学鉴赏水平， 培养文学情趣； 通过阅读报刊，我们能增长见识，扩大自己的知识面。 有许多书籍还能培养我们的道德情操， 给我们巨大的精神力量， 鼓舞我们前进。 * * 细胞学，形态学标记 * A T C G 腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶 可能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。 * * Genomic DNA as a target Invader DNA assay by Third Wave Technologies, Madison, WI Sniper assay by Molecular Staging Inc Amersham Pharmacia PCR products as a target Restriction analysis Sequencing Single base extension M