武漢大学生物信息学复习提纲.docxVIP

1算法和模型的相通性算法是为了解决一个特定问题而需要执行的一系列步骤或指令。模型是为了研究一个特定系统，通过抽象和简化而建立的代表这个系统的一种模式。～～都需要输入数据，且都能够输出数据。 算法是根据输入数据得出输出数据——问题的解。 模型是根据输入数据得出输出数据，从而反映其所代表系统的特性。2 Why use Unix？稳定性好: Over 25 years in industry and academia.开放性好：Supporting possible tasks in future.Internet上的操作系统：The software that powers the Web was invented in Unix, and many if not most web servers runs on Unix servers.科学软件的载体：Many good-quality, interesting and important scientific software are written for Unix.共享的乐园：Many programs can be downloaded and installed on Unix systems for free. LinuxLinux is a free, open source version of Unix.Linux can turn an ordinary PC into a powerful workstation. Under Linux, inexpensive PCs regarded as “obsolete” by Windows user become startlingly flexible and useful workstations. Linux is an excellent platform for developing software. 3 计算机语言编程灵活度上： （越灵活越容易编，但越易出错） Perl Java C C++执行效率上： C C++ Java Perl 4 DNA序列比对与蛋白质序列比对由于遗传密码的简并性，蛋白质序列比DNA序列更加具有同一性。一方面，用蛋白质序列进行序列比对的灵敏度高于用DNA序列进行序列比对的灵敏度，从而有利于寻找和联系亲缘关系较远的序列；另一方面，仅仅进行蛋白质序列比对可能丢失与进化过程直接有关的一些信息。5 cDNA 文库提取出组织细胞的全部mRNA，在体外反转录成cDNA，与适当的载体（如噬菌体或质粒载体）连接后转化受体菌，则每个细菌含有一段cDNA，并能繁殖扩增，这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细胞的cDNA文库。一个cDNA文库中的某两个克隆，可能来源于同一种mRNA，也可能不是；可能是全长，但一般不是全长。6 获得cDNA全长的步骤（1）获得全长cDNA序列及其信息（1）获得序列：实验操作往往很复杂，比如先通过特殊的限制性方法构建全长cDNA文库，再（根据已知的区段信息）筛选对应此种cDNA的特定克隆；获得序列信息：由于测序技术的限制（一次几百bp），一般很难直接测出全长序列，所以可能需要打断，测序，再拼接片段信息。（2）获得全长cDNA序列及其信息（2）获得序列信息：通过构建普通的cDNA文库，进行高通量自动测序，我们可以得到大量的序列片断信息。运用序列自动拼接软件工具，拼接这些片断信息，可以同时推测多种全长cDNA序列信息。获得序列：之后可以根据全长信息在实验室中获得实际序列（如设计“全长”引物，PCR 筛选普通cDNA文库） 。 （3）cDNA克隆单次测序产生一个EST通过自动测序仪对一个cDNA克隆单次测序很难产生整个克隆序列信息，往往只能产生一个片断序列信息，称为一个EST。也可以说，应用自动测序仪对一个cDNA克隆的一种“读法”产生一个EST。 这种读法可以从5‘端进行，也可以从3’端进行。 （4）从cDNA文库测序产生大量EST（5）用EST拼接得到全长cDNA序列信息运用序列自动拼接工具，进行EST序列信息拼接，可以同时获得多种全长cDNA序列信息7 EST（ Expressed Sequence Tag）的意义它们是从cDNA测序产生的短序列信息，根据两端有重叠序列的EST可以组装获得全长的cDNA序列信息；它们代表在特定组织或发育阶段表达的基因，其相关分析是一种发现新基因和定位基因的有效方法。EST分析尽管EST本身是不完整的甚至可能是不精确的DNA序列，但EST分析将为确定全长cDNA、寻找新基因和定位基因提供有价值的线索8 EST的特性EST序列中除了A、G、T、C外，可能出现模糊碱基（如未知碱基N）；EST序