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遗传多态性知识 一、SNP, LD, Haplotype and Tagger SNP 1. 遗传/基因多态性(genetic/gene polymorphism) 在一随机婚配的群体中，染色体同一基因座位点上有两种或两种以上的基因型，且各个等位基因在群体中的出现频率皆高于1%。它是决定人体对疾病易感性、临床表现多样性及药物治疗反应差异性的重要因素。而种群中频率等于或小于1 %的碱基变异称为突变。染色体同一DNA位置上的每个碱基类型叫做一个等位位点。如某些人的染色体上某一位置的碱基是A，而另一些人的染色体上相同位置上的碱基是G，除性染色体外,每个人体内的染色体都有两份,所以,一个人所拥有的一对等位位点的类型被称作基因型(genotype)，如GA、GG、AA；检定一个人的基因型，被称作基因分型(genotyping)。由不同基因型与环境共同作用所产生的生物体（人类）可观测的物理或生理性状称为表现型（phenotype）。限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism. RFLP)是第一代的遗传标记；可变数目的串联重复(variable number of tandem repeat. VNTR)是第二代遗传标记；其中重复单位为2-6个核苷酸称为微卫星或短串联重复；6-12个核苷酸称为小卫星。 Polymorphisms are defined as frequent (occurring in greater than 1% of the population) variations in the human DNA sequence. Most involve a single base pair substitution, known as single nucleotide polymorphisms(1), although more complex variations are also recognised. SNPs are single base pair positions in genomic DNA at which different sequence alternatives (alleles) exist in normal individuals in some population(s), wherein the least frequent allele has an abundance of 1% or greater. In principle, SNPs could be bi-, tri-, or tetra-alletic polymorphisms. Howere, in humans, tri-alletic and tetra-alletic SNPs are rare almost to the point of non-existence, and so SNPs are sometimes simply referred to as bi-allelic markers. 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism.SNP)：最早由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心Lander于1996年提出，是不同个体基因组DNA序列内特定核苷酸位置上单个碱基的不同．是第三代遗传标记，任一SNP在群体中出现的频率应不小于1%，原则上SNP可以是双、三、四等位基因多态，在人类三、四等位基因的SNP很少甚至几乎不存在，因此SNP简单指双等位标记，双等位基因的SNP替换包括1个转换C\T(G\A)和3个颠换C\A(G\T)、C\G(G\C)、T\A(A \T)，由于核苷酸的5-甲基胞嘧啶脱氢基反应相对比较频繁，使得四种SNPs在基因组中出现的频率不同，在生物体内约2/3是C/T(G/A)转换，并且多存在于非转录序列中。据统计，人类基因组中3*109碱基中至少存在着1000万个SNPs位点，平均约1个SNP/1000bp。与其他遗传标记(如限制性片段长度多态，短串联重复)的主要不同是不再以“长度”的差异作为检测的手段，而直接以序列的变异作为标记，具有高丰度、高度稳定性和易于自动化分析等独特的优势。英文描述：SNP markers are preferred over microsatellite markers for association studies, because of their high abundance along the human genome (SNPs with minor allele frequency0.1 occur once every 600 kb) (Wang