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实验六 PCR产物的琼脂糖凝胶电泳检测 常祖明 实验目的 1.掌握琼脂糖凝胶电泳的原理 2.学会琼脂糖凝胶的制作和进行电泳的方法 实验原理 1.DNA琼脂糖凝胶电泳的原理 实验仪器、材料、试剂 实验仪器及用具 电泳仪、移液枪、电磁炉、锥形瓶、容量瓶、紫外分析仪 实验材料及试剂 实验材料:鸡血DNAPCR扩增产物 DNA Marker 、GoldView核酸染色剂 、琼脂糖、三羟甲基氨基甲烷(Tris) 、硼酸 、乙二胺四乙酸二钠、 6×DNA LodingBuffer 实验试剂:0.5×TBE(PH8.0)缓冲液 、1.0%琼脂糖溶液、 注意事项 1.琼脂糖融化时,档位不宜太高。 2. 制胶和加样过程中要防治气泡的产生。 3. 操作过程必须戴手套操作,严格注意防护。 4. 加样时,Tip 头不宜插入样品孔太深,也不要穿破胶孔壁,否则样品渗漏或DNA 带型不整齐。 5. 电源接通时,应核实凝胶的方向是否正确。 6. 电泳仪有电压显示,并不一定标志电泳槽已接通,应观察电极气泡出现情况。负极的气泡比正极多一倍,表示电泳已开始。将两者混匀后加入点样孔,注意枪头尽量往下,同时防止气泡产生。 讨论 影响DNA迁移速率的因素有哪些? * * 琼脂糖是一种线性多糖聚合物,天然聚合长链状分子,在沸水中溶解,45℃开始形成多孔性刚性滤孔,凝胶孔径的大小取决于琼脂糖的浓度,浓度越高,孔隙越小,其分辨能力就越强。DNA分子在琼脂糖凝胶中泳动时有电荷效应和分子筛效应。 实验原理 (1)电荷效应 DNA分子在PH值高于其等电点的溶液中带负电荷,在电泳时向阳极移动。 (2)分子筛效益 在一定的电场强度下,DNA分子的迁移速度主要取决于分子筛效益,即DNA分子本身的大小和构象(共价闭环DNA线状DNA开环DNA),而且其迁移速度与其相对分子质量的对数值成反比,所以不用相对分子质量的DNA分子可以在琼脂糖凝胶电泳中分离。 2. DNA分子进行染色的原理(以溴化乙锭为例) 观察琼脂糖凝胶中DNA最常用的方法是利用荧光染料溴化乙锭进行染色。溴化乙锭是一种高度灵敏的荧光染色剂,用于观察琼脂糖凝胶中的DNA分子。溴化乙锭在紫外光照射下能发射荧光,当DNA样品在琼脂糖凝胶中从负极向正极泳动时,溴化乙锭从正极向负极移动,这样溴化乙锭分子就会嵌入到DNA分子中的碱基对之间形成络合物,这种络合物在紫外光下发射的荧光要比单纯的DNA分子要强的多,便于DNA的检测。 实验步骤 琼脂糖凝胶的配制 1g琼脂糖 100mlTBE缓冲液 5μl GoldView 冷却到60℃ 1.将适量的DNA Marker用移液枪加入凝胶的第一个孔中。 2.在PCR产物中加入6×DNA LodingBuffer(每5ul产物加入1ul),混匀后,用移液枪加入到样品孔内,每孔加2ul。 点样 肉眼可见指示剂泳至距制胶板前端约2-3cm处即可停止电泳。切断电源,取出凝胶,置于紫外线透射仪上观察电泳结果,或用凝胶成像分析系统拍照保存。 电泳、观察 *
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