基因表达的生物信息学研究北京大学李婷婷教程分析.pptVIP

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2016-04-12 发布于湖北
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基因表达的生物信息学研究北京大学李婷婷教程分析.ppt

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* * * Mission:对生物信息学的基本研究对象和研究内容有所了解，掌握生物信息学研究中一些基本方法和一些基本软件的运用，锻炼科研阅读和表达能力。 DNA is fragmented, sheared, repaired and adenylate Oligos grafted to the surface of the flow cell. Copies are covalently bind to the surface. * Mission:对生物信息学的基本研究对象和研究内容有所了解，掌握生物信息学研究中一些基本方法和一些基本软件的运用，锻炼科研阅读和表达能力。 * * Mission:对生物信息学的基本研究对象和研究内容有所了解，掌握生物信息学研究中一些基本方法和一些基本软件的运用，锻炼科研阅读和表达能力。 Reads mapping Genome Short reads chr11 6548 6580 6_1_496_300 1 + chr5 11480 11512 6_1_1641_453 0 + …… Output format: (e.g. bed file) Look at your data in Genome browser 内容大纲基因表达与基因芯片基于基因芯片的基因表达分析基于ChIP-chip、 ChIP-seq技术的转录调控分析基于RNA-seq技术的基因表达分析 * * 张学工等,中国计算机学会通讯, 第2卷, 第3期, 2006年5月 RNA-Seq Experiment * Wang et al. 2009 RNA-Seq Wang et al. 2009 Advantages Digital signal High sensitivity and specificity Whole genome analysis for any species High dynamic range Structure of the transcripts …… * Processing of RNA-seq data Read mapping Estimation: estimate levels of abundance for genes/exons/isofoms * Genome Short reads * The final data from RNA-seq Case Gene Case 1 Case 2 Case 3 Case 4 … Gene a 123.4 234.5 135.7 0.123 Gene b 1234.5 5678.9 321.0 78.9 Gene c 765.4 43.2 9.2 3456.1 Gene d 211.0 985.0 618.9 12.3 … Expression values (RPKM) different individuals; different subtypes; different situations; different phases; … All genes in the genome; All suspicious genes; Selected genes; … RPKM = 109 *(# reads mapped to gene)/ (l * N) l = size of transcript bp N= total # of mappable reads RPKM: “reads per kb per million reads” 1 RKPM ~ 0.3 to 1 transcript per cell Processing of RNA-seq data Read mapping Estimation: estimate levels of abundance for genes/exons/isofoms Discovery: find new splicing event, new exon, new gene, 3’-UTR variants, etc * 内容大纲基因表达与基因芯片基于基因芯片的基因表达分析基于ChIP-chip、 ChIP-seq技术的转录调控分析基于RNA-seq技术的基因表达分析 * * * Mission:对生物信息学的基本研究对象和研究内容有所了解，掌握生物信息学研究中一些基本方法和一些基本软件的运用，锻炼科研阅读和表达能力。 * Mission:对生物信息学的基本研究对象和研究内容有所了解，掌握生物信息学研究中一些基本方