基于芭蕉属EST序列的地涌金莲SSR引物开发.pdfVIP

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2016-03-22 发布于河北
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基于芭蕉属EST序列的地涌金莲SSR引物开发.pdf

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林业科学研究2012，25(2)：111～116 ForestResearch 文章编号：1001—1498(2012)02-0111-06 基于芭蕉属EST序列的地涌金莲SSR引物开发李文娟，马宏，李正红+，万友名，刘秀贤，周翠丽 (中国林业科学研究院资源昆虫研究所。云南昆明650224) 摘要：对31308条来自NCBI的芭蕉属(Musa)EST序歹lJ进行拼接得多l全长为13．51Mb的21129条无冗余EST序列 (含3818条contigs及173ll条si,,e,lmns)，其中，4944条(23．40％)EST序列含有5416条SSRs，SSR的出现频率为25．63％，平均分布距离2．49Kb。有234条(1．11％)含有1个以上的SSR。在所检测的SSR中，二、三、四核苷酸重复是主导重复类型，分别占EST．SSR总数的21．80％(1181条)、52．55％(2846条)和14．55％(788条)。AG／定的目的片段，49对引物表现出多态性。本研究检测的15对引物扩增等位基因数范围是2—7个，平均3．067个；关键词：地涌金莲；EST-SSR；多态性引物；分子标记中图分类号：S718．46 文献标识码：A ofSSRMarkersofMusella lasiocarpa Development by Data inMusaEST Mining Sequences U Cui—li Wen-juan，MAHong．12 Xiu-xian，ZHOU Zheng·幻，lg，WANYou—ruing，L1U of of hlstitllte (R自眦h Rt踟咖Insects，Chin∞eAcademyFor∞Uv，Kunming650224，Yunnan，China) 129non-redundant 3818 and17311 identifiedfroma Abstract：21 clusters，containingeontigs singletons，were totaIof31308 availableMusaEST themcontained5 944(23．40％)of publicly sequences．4 main allSSRs the the motifsof ob- motifs，anddi一(21．80％)，tri．(52．55％)andtetra-nucleotide(14．55％)81e in and dominantin tained．AG／CTweredominantdi·nueleotide AGG／CCT were repeats motif，AAG／CTr repeats