《MS 建模小结》.pdfVIP

MS 模小结 MS 模小结 本小结大部分内容取自各论坛，本人仅对相关内容进行了补充，本着取之小 目虫，还之小木虫的目的，将本小结整理上传。大家应感谢小木虫论坛的众多高 手为我们提供了诸多有益素材。MS 方面资料不多，希望大家一起动手，互相帮 助。 —— cup_lee 下面资料部分取自本论坛leeshower 开的Materials Studio 画分子模型大家 谈！（小专栏）向他表示感谢，希望更多像leeshower 的高手出手指点 1、关于画苯环 很多初学者经常会把环己三烯和苯环相混淆。表面上看，凯库勒式是一样的。 实际上在MS 中二者是截然不同的。画苯环最简单的方法是：Alt+六元环画笔。 第二种方法就是先画一个六元环，再按住 Shift 键选中六个环单键，将其改为 partial double bond 。 当我们考察各种种画法是否相同，可以考察电荷。刚画好的环己三烯和苯环 所有原子的电荷都为0 （可以从properties 浏览器中看到）。这是因为画3D 模 只是第一步，我们并没有用力场定义它们。很多朋友往往认为画好就行了，马上 就可以用模块算，这种想法是导致许多严重错误的根源。我向大家 议一个好的 习惯：画好模型后，用Discover--〉Setup--〉Energy 页中选中compass 力场 （最 常用的定义最全力场），再在Typing 页中按下calculate 键，马上分子里的所有原 子都具有了电荷。 细心的朋友可能发现菜单 Modify 下面有一个 charge 项，里面也有一个 calculate 按钮。这个按钮和discover--setup--typing 中的calculate 有着本质的不 同。请大家不要随便按。好奇的可以看看相关help 。 cometring 第一次画苯环就忘了加氢了，所以计算了也没电荷，可是我不 明白，为什么画好了还要计算一下电荷？直接进行构型优化之类的不可以吗? leeshower 完全可以！这取决于你在Discover 中SETUP 的参数设置。很多 动力学相关模块都仰仗 Discover 中 SETUP 的参数设置，然后自动就可以 TYPING ！我这里只是告诉大家一个纠错的方法。很多时候我们犯的错误都来源 于一些很难想到的小错误。 小补贴 使用 fragment 进行 build polymer 的时候一定要先将自己定义的frament 优化一下，再build polymer 。否则一旦用没优化的fragment 了长链，能量有 可能高的离谱，那时你再做优化都没用。用这样的模 即使运算成功了，那本来 1 PDF 文件使用 pdfFactory Pro 试用版本创 MS 模小结 就是个错误！这就是所谓的软错误，软错误计算机是不报警的！所以，“千里之 堤，毁于蚁穴！”切忌。 补充 关于画萘等多苯环芳烃 首先按住ALT+六元环画笔，左