蛋白质结构预测方法探析.pdfVIP

Jol蛐a】ofBioin蠡姗latics 专论与综述 生物信息学china 蛋白质结构预测方法探析 刘云玲1，陶兰2 (1．中国农业大学信息与电气工程学院，北京100083；2。深堋大学信息工程学院，深圳51∞60) 摘要：首先介绍了蛋白质结构预测中的三种理论方法，然后对同源蛋白质结构预测中侧链构造和环区构建中涉及到的主要方 法进行了探讨，对非同源蛋白质结构预测中空间构象搜寻涉及到的主要算法进行了分析比较。 关键词：蛋白质结构预测；侧链；环区；构象搜寻 中图分类号：Q71 文献标识码：A 文章编号：1672—5565《20昕)一1)4—185—02 ofProt咖stlllcture Discu鹃ionofthemethods predicti0帆 UU k∥ Y哪一li耐，’rAO (j．蚴矿幻钿蕊蒯日删勖驴峨。踟《如廊删№毋，蛾j删，蕊洳； 2．几嘶埘钿赫肪驴l∞姗，蕊洳№妙，霸洳即80卯，al知) inside ofthe删cal珊曲odin involved in删uces吐ll傥knds lIlainⅡ七出0ds锄d也埘如1ls 触】sl瑚脱：Fj商ly p妣instrucn脱印edi曲on．Then t}lat are arec伽【ce盯ledinco—豳一 —c11ain discussed，孤d constmc血唱and100p—regionc伽Istnlcdr玛0fh0耋Ilolo矿璐pIutein Inajora】鲥t11ms 矗伽search aI_e 0fⅧ1ll伽∞1090惦pmteinanaly乃ed锄dc0岫pa捌． KeyW砌s：PmteiII啦uct山七pmdi硎on；side～chain；lo叩～咒西on；co出嘞撕on驼眦b 1 前言 个蛋白质的基本折叠相同。 (2)折叠识别法：有很多蛋白质具有相似的空间结构，但 蛋白质的生物学功能在很大程度上取决于其空间结构， 它们的序列等同部分小于25％，即远程同源。对于这类蛋 所以蛋白质结构预测是了解蛋白质功能的重要途径u1。 白质，折叠识别方法利用氨基酸的结构倾向(如形成二级结 构的倾向、疏水性、极性等)，通过打分函数来评价一个远程 1961年，An6nsen提出An6nsen原理堙J，即蛋白质分子的一级 序列决定其空间结构，蛋白质的天然构象是能量最低的构 相似序列所对应的结构是否能够适配到给定的结构环境中。 (3)从头预测法：在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有 象。这为用理论方法从蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的 已知结构的远程同源蛋白质的情况下，只能采用从头预测方法， 空间