家蚕表皮蛋白基因的生物信息学分析.pdfVIP

维普资讯 2008；34(3) 蚕 业 科 学 CANYE KEXUE 家蚕表皮蛋 白基 因的生物信息学分析 梁九波 刘碧朗 占智高 何宁佳 (西南大学蚕学与系统生物学研究所，农业部蚕桑学重点开放实验室，重庆 400716) 摘 要 家蚕的表皮蛋白(cuticularprotein)是家蚕重要的结构蛋白，与几丁质一同作为家蚕表皮的重要组成部分。 运用生物信息学的方法对家蚕表皮蛋白进行 了广泛分析。通过保守的基序检索家蚕基因组，得到 163条候选的表 皮蛋 白序列，包括RR、Tweedle、CPFCPFL等家族 ，并且发现具有确定的保守基序的表皮蛋白基 因在染色体上都 是 以串联集群形式分布。氨基酸组成分析表明，这些表皮蛋白富含甘氨酸、丙氨酸、亮氨酸、组氨酸等。运用Sig— nalPserver预测这部分蛋白质有85％都具有信号肽。进化分析显示，负选择是家蚕表皮蛋白基因进化的主要驱动 力。采用TFSEARCH等在线服务软件分析发现，在70％含有RR基序的家蚕表皮蛋白基因的核心启动子区具有通 用的TATAAA序列。 关键词 家蚕；表皮蛋 白；基序；基 因簇；生物信息学分析 中图分类号 $881．2 文献标识码 A 文章编号 0257—4799(2008)03—0405—12 BioinformationAnalysisofCuticularProteinGenes intheSilkworm ，Bombyxmori LIANG Jiu—Bo LIU Bi—Lang ZHAN Zhi—Gao HENing—Jia (InstituteofSericultureandSystemsBiology，SouthwestUniversity，TheKeySericultureLaboratoryof AgriculturalMinistry，Chongqing400716，Ch价a Abstract Cuticularproteinsare importantstructuralproteinsforthesilkworm ，Bombyxmori，andplayessen— tiaIrolesinfOrmationofcuticle．Bysearchingtheconserved motifinsilkworm qenomedraft．we identified163 ． genesencodingputativecuticularproteins，whichharborsRRconsensus，Tweedlemotif，CPF＆CPFLfamily features．andsoon Thesegenesaredistributedinthef0rm ofgeneclustersonchromosomes Wefurtherall— alyzedamino acid composition of163 genesand found thatGlycine，Alanine，Leucine，and Histidine are prominentresidues．Eighty—fivepercentofthe 163 cuticularproteinshavea signalpeptidebySignalP server prediction Inaddition．the resultsofevolutionaryanalysisindicatedthatthediversificationofcuticularpr