第七 章 生物信息学数据库.ppt

复旦大学图书馆文献检索教研室 第七 章 生物信息学数据库Bioinformatics database 一、概述 ?生物信息学的定义 生物信息学是一门交叉科学，它包含了生物信息的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所有方面，综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 （美国人类基因组计划实施五年后的总结报告） ?? 二.生物信息学数据库种类： 《Nucleic Acids Research》杂志每年的第一期中详细介绍必威体育精装版版本的各种数据库。 在2000年1月1日出版的28卷第一期115种通用和专用数据库。 至2008年，生物信息学数据库总数已达1078个。比2007年增加110个。 《Nucleic Acids Research》杂志 相关数据库及其主要分类 1 核酸序列数据库 2. RNA 序列数据库 3. 蛋白质序列数据库 4.结构数据库 5. 基因组数据库 6. 代谢酶相关产物 7. 人类和其他脊椎动物基因组 8. 人类基因和疾病 9. 其他数据和其他基因表达数据库 10. 蛋白组资源 11. 其他分子生物学数据库 12.细胞器官数据库 13.植物数据库 14.免疫学数据库 核酸序列数据库 内容包括世界上所有已公布的核酸序列及其翻译产物序列报告和相关注释 国际核酸序列委员会协作组： GenBank美国基因数据银行 / Embl 欧洲分子生物实验室 http://www.ebi.ac.uk/embl.html DDBJ日本核酸数据库 http://www.ddbj.nig.ac.jp 整合平台：Entrez 综合数据库 序列通过正式递交进入数据库 未正式发表文献以前，数据库予以必威体育官网网址 蛋白质序列数据库 SWISS-PROT （瑞士日内瓦大学）蛋白质序列数据库 http://www.Expasy.ch 内容包括序列及功能信息、蛋白识别、蛋白质结构预测及其他功能 NCBI 蛋白质数据库 包括所有蛋白质序列，及其翻译产物序列 /entrez PIR 蛋白质序列信息资源库（美、德） 蛋白质结构数据库 PDB Protein DataBank，美国Brookhaven国家实验室管理生物大分子三维空间结构原子坐标数据库 /pdb/ NCBI STRUCTURE MMDB （Molecular Modelling DataBase），包含了从PDB获取的实验确定的生物高聚物结构分子模型数据库 SCOP （Structural classification of proteins） 英国医学研究会（MRC）剑桥分子生物学实验室开发的蛋白质结构分类数据库。包含描述蛋白质域的家族、超家族、折叠、等级等信息。http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 基因组数据库图谱和显示器 主要内容：有基因组结构、基因单位、基因组图谱等（遗传图、叠连群图、放射杂交图等） 分布：由各国基因组研究中心组建，分布在世界各地的信息中心、研究机构。代表性的有： 美国人类基因组数据库GDB 美国NCBI基因组数据库Genome 英国人类基因图谱数据库 HGMPGenomeWeb http://www.hgmp.mrc.ac.uk/genomeWeb/ 美国人类基因组资源整合体系/genome/guide/human/ 人类疾病与基因数据库 OMIM 孟德尔遗传信息数据库 CGAP The Cancer Genome Anatomy Project 肿瘤基因组图谱知识库 /ncicgap 美国国立癌症研究所为解剖肿瘤细胞分子而建立。 生物信息分析工具 BLAST 序列相似性对比 PRIMER 引物设计 蛋白质结构预测数据库 （EMBL）根据已知蛋白质序列，预测同族二级、三维等结构 蛋白质功能预测数据库 （EMBL ）根据已知蛋白质序列，预测蛋白质功能 我国生物信息相关网站 中国生物信息网 北京大学生物信息中心 中国生物技术信息网 / 中国科学院（上海文献中心） /tushug/ ? 三. 生物信息数据库检索 集成检索系统： Entrez系统（整合库）美国生物技术信息中心研制 SRS系统(Sequence Retrieval System)欧洲分子生物学实验室开发http://srs.ebi.ac.uk/ 可开放式安装100多个数据库，北京大学安装了78个数据库 1.Entrez NCBI综合数据库 是1991年由美国生物信息技术中心（National Center