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高校应用数学学报 辑
A Appl.Math.J.ChineseUniv.Ser.A
2005,20(4):379-392
生物序列分析中的若干数学方法
谢惠民
苏州大学 数学系 江苏苏州
( , 215006)
摘 要 生物序列是由 种核苷酸组成的核酸序列和由 种氨基酸组成的蛋
: 4 20
白质序列 论文介绍生物序列研究中的计数方法 组分分析方法 隐马尔可夫模型
. 、 、
方法以及它们的某些应用.
关键词 生物序列 计数问题 组分分析方法 隐马尔可夫模型
: ; ; ;
中图分类号: 3; 213
Q O
文献标识码: 文章编号:1000-4424(2005)04-0379-14
A
1 数学与生物学的联姻
回顾历史 在数学与其他自然科学的关系中 物理学无疑最密切 而生物学则最遥远 这
, , , ,
早就是人们的共识 在恩格斯的 自然辩证法 中可以看到 数学的应用 在生物学中
.
1
然而目前情况正在起变化 例如最近有一篇评论 其标题中将生物学比作为数学的
0. . ,
下一个物理学 而将数学比作为生物学的下一个显微镜 这显然是对于生物学和数学之间关
, ,
系的一种全新的期望.
说来有点奇怪的是 有许多数学研究或工具起源于生物学 例如 计算机科学中的有限
, . ,
自动机起源于 的第一个神经网络模型 形式语言中的 系统来 自于
- ,
MCllhitts
对于线型生物的发育描述 元胞自动机起源于 对于生命自
inenaer , Jhnvneann
复制能力的形式化模拟 最有名的元胞自动机 即由 提出的
, , JhnCna heGaeie
是对于生命的繁殖和死亡现象的模仿 在许多最优化难题中有特效的遗传算法来自于对生
,
物的遗传机制的学习 如此等等 反过来看 上面列举的几项内容都有许多应用和发展 但并
, . ,
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