模糊聚类分析方法在DNA序列分类中的应用27203.pdfVIP

维普资讯 第22卷 第1O期 计 算 机 仿 真 2005年l0月 文章编号：1006—9348(2005)10—0108—04 模糊聚类分析方法在 DNA序列分类 中的应用 顾俊华，盛春楠 ，韩正忠 (东南大学软件学院，江苏 南京210096) 摘要：该文采用模糊聚类分析的方法对DNA序列进行分类。首先从 DNA序列中单个碱基分布的 “密度”角度出发，提取出 DNA序列的特征，然后用模糊聚类分析中常用的方法对DNA序列进行分类。该文运用自行研制开发的集成 11种模糊聚类 分析算法的模糊聚类分析运算工具，首先对已知的1—20个DNA序列进行模糊聚类分析，根据分类结果的精度，找出了较优 的6种聚类分析算法，然后用余下的21—4O个DNA序列进行分类；最后，本文一次对所有的1—40个DNA序列进行归类， 并综合了所有的分类结果，将难以归类的DNA序列进行了归类。分析结果表明，模糊聚类分析算法具有分类简单且分类结 果精度较高的优点。 关键词：模糊聚类分析法；相关系数法；序列；碱基密度 中图分类号：TB115 文献标识码：A ApplicationofFuzzyClusterinClassificationofDNA GUJun—hua，SHENGChun—nan，HANZheng—zhong (CollegeofSoftwareEngineering，SoutheastUniversity，NanjingJiangsu210096，China) ABSTRACT：ThispaperpresentsthemethodofapplyingfuzzyclusterinDNA classification．From thedensity aspectofsinglebaseofeachDNA’Ssequence，wedistilleditsfeatures，andthenweusedtheusualalgorithmsof fuzzyclustertoanalysethefeatures．Wedevelopedafuzzyclustercalculatingtoolwhich isanintegrationof11 usualfuzzy clusteralgorithms． In thispaper，first，weused thistoolto analysetheknown 1— 20 DNA sequences，accordingtoeachalgorithm’Sprecision，wegotsixfuzzyclustershavinghigherprecision，andthen weusedhtesealgorithmstoclassifytherest21—40 sequences．Attheendofthispaper，weclassifiedallhte DNA sequences．Aftersynthesizingalltheresultsofeachalgorithm ，wegottheclassifyingresult． From theresultsofanalysis，wefoundthefuzzyclusterinDNA classificationwassimpleandtheresulthad betterprecisionthanthatofotherclassifyingmethods． KEYW ORDS：Fuzzycluster；Correlationofcoefficient；Sequence；Basedensity 隐藏着什么规律，又是解读这部天书的基础 ，是生物信息学 1 引言