基因表达谱芯片的数据的分析.pdfVIP

量蓐蓐^诲缱．兵冬@ 世界华人消化杂志2006年1月8日；14(1)：68—74 …一婴!!!：塑璺堡!!竺…一…一…一～…………～一………，一，……．一，……一……～，…一……，一…一………一～…．～一一一～一型曼竺望旦翌一一三整三生些唆墨，一一 《赣糕凝螺滋镰鬣攀徽鬻鬻戮戮戮熬甏戮鬻鼗溅骥|糕《戮囊戮戮谶戮燃鬃戮萋琶| 基因表达谱芯片的数据分析 吴斌，沈自尹 ●背景资料 吴斌，沈自尹，复旦大学华山医院中西医结合研究所上海市 胞中；(2)聚类分析：分析基因或样本之间的相 基因芯片技术的 200040 出现为生命科学 国家自然科学基金资助项目，No 互关系，使用的统计方法主要是聚类分析；(3) 通讯作者：沈自尹，200040，上海市复旦大学华山医院中西医结 的研究带来了革 判别分析：以某些在不同样品中表达差异显著 合研究所．wuubin@yah00．com．cn 命性的变化。然而 1 基因芯片技术产 电话：021631 的基因作为模版，通过判别分析就可建立有效 2—02 收稿日期：2005一09—1O接受日期：2005—1 生的海量数据成 的疾病诊断方法． 为制约该技术应 用的瓶颈．了解基 因芯片数据分析 摘要 1差异基因表达分析ld．仃erence 的研究进展对于 基因芯片数据分析的目的就是从看似杂乱无 对于使用参照实验设计进行的重复实验，可以对 正确应用该技术 具有重要的意义． 序的数据中找出它固有的规律，本文根据数据 2样本的基因表达数据进行差异基因表达分析， 本文对基因芯片 分析的目的，从差异基因表达分析、聚类分 数据分析方法综 具体方法包括倍数分析、施验、方差分析等． 析、判别分析以及其它分析等角度对芯片数 述全面、系统，最 1．1倍数变化(f01dchange，Fc)倍数分析是最早 重要的是对每一 据分析进行综述，并对每一种方法的优缺点进 种方法进行了评 行评述，为正确选用基因芯片数据分析方法提 应用于基因芯片数据分析的方法【4】，该方法是 述． 供参考． 通过对基因芯片的ratio值从大到小排序。ratio 关键词：基因芯片；数据分析；差异基因表达；聚类分 内的基因不存在显著表达差异，该范围之外则 析：判别分析 认为基因的表达出现显著改变．由于实验条件 的不同，此阈值范围会根据可信区间应有所调 吴斌，沈自尹．基因表达谱芯片的数据分析．世界华人消化杂志 2006：14(1)：68—74 整【5冉】．处理后得到的信息再根据不同要求以各 009-3079，1 htIp：／^^n^n^，．V叮gnet．com，14，68．asp 种形式输出，如柱形图、饼形图、点图等．该方 法的优点是需要的芯片少，节约研究成本；缺点 O引言 是结论过于简单，很难发现更高层次功能的线 索：除了有非常显著的倍数变化的基因外，其它 基因芯片数据分析就是对从基因芯片高密度杂 变化小的基