分子动力学模拟研究脂肪酶的催化机理演示文档.pptVIP

分子动力学模拟研究脂肪酶的催化机理;优选分子动力学模拟研究脂肪酶的催化机理;定义：

脂肪酶（Lipase）又称甘油酯水解酶，是指分解或合成高级脂肪酸和丙三醇形成的甘油三酯酯键的酶。

;脂肪酶基本组成单位仅为氨基酸，通常只有一条多肽链。它的催化活性仅仅决定于它的蛋白质结构。

不同类型的脂肪酶具有非常相似的立体结构

脂肪酶的氨基酸顺序可能有较大的差别,但却具有相似的折叠方式和活性中心。

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同源区段：His-x-y-Gly-Z-Ser-W-Gly或Y-Gly-His-Ser-W-Gly(X,Y,W,Z是可变的氨基酸残疾）

活性中心是丝氨酸残基，正常情况下受1个a-螺旋盖保护

在底物(如醇、酸或酷等)存在的情况下,酶的构象发生变化,脂肪酶与油/水界面的缔合作用使得“盖子”打开,含有活性部位的疏水部分就暴露出来

;;脂肪酶广泛存在于动物植物和微生物中。

植物中含脂肪酸较多的是油料作物的种子，当油料种子发芽时，脂肪酶能与其他的酶协同发挥作用催化分解油脂类物质生成糖类，提供种子生根发芽所必须的养料和能量；

细菌，真菌和酵母中的脂肪酶含量更为丰富。

微生物脂肪酶：细菌28个属

放线菌4个属

酵母菌10个属

其他真菌23个属

;;粒子的运动取决于经典力学(牛顿定律（F=ma）;分子动力学方法基础：;在分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本,从而计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质；

通过求解所有粒子的运动方程，分子动力学方法可以用于模拟与原子运动路径相关的基本过程；

能得到原子的运动轨迹,还能象做实验一样作各种观察；

分子动力学方法是确定性方法，一旦初始构型和速度确定了，分子随时间所产生的运动轨迹也就确定了。;动力学程序：;Amber的简介：;实验部分：;2、溶剂模型的参数化;3、分子动力学模拟;4、QM/MM模拟;四、结果与讨论;;;谢谢大家！