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ICS65.020.40B61
DB51
四川省地方标准
DB51/T2404—2017
大熊猫种群遗传档案建立技术规程
2017-09-19发布2017-10-01实施
四川省质量技术监督局发布
I
DB51/T2404—2017
目次
前言 II
1范围 1
2规范性引用文件 1
3术语和定义 1
4遗传标记选用原则 1
5实验流程 2
6线粒体标记PCR方法 2
7大熊猫性别鉴定的方法 3
8微卫星标记使用方法 4
9遗传档案数据的管理和使用 5
附录A(规范性附录)大熊猫微卫星标记编号、名称、来源及PCR扩增引物 6
II
DB51/T2404—2017
前言
本标准根据:GB/T1.1-2009《标准化工作导则第1部分:标准的结构和编写》的规定编写。本标准由四川省林业厅提出并归口。
本标准由四川省质量技术监督局批准。
本标准起草单位:四川省野生动植物资源保护管理站。
本标准主要起草人:岳碧松、魏辅文、张和民、沈富军、杨旭煜、古晓东。
DB51/T2404—2017
1
大熊猫种群遗传档案建立技术规程
1范围
本标准规定了建立圈养大熊猫和野生大熊猫遗传档案的技术规程。
本标准适用于四川省圈养大熊猫和野生大熊猫遗传档案建立。
2规范性引用文件
下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其必威体育精装版版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
DB51/T2288-2016野生大熊猫种群动态监测技术规程
3术语和定义
下列术语和定义适用于本标准。
3.1
微卫星序列microsatellitesequence
是指基因组中由1-6个核苷酸为基本重复单元组成的DNA串联重复序列,例如(AC)n、(ACG)n、(ATTT)n等,也称为短串联重复序列(Shorttandemrepeats,STR)或简单重复序列(Simplesequencesrepeats,SSR)。在个体间重复次数发生变化的多态性微卫星位点,可以作为微卫星标记使用。
3.2
DNA样品DNAsamples
是指利用大熊猫组织(如毛发、血液、精液、肌肉组织等)或新鲜粪便提取的大熊猫基因组DNA。
4遗传标记选用原则
4.1线粒体标记
大熊猫线粒体控制区PCR扩增引物(Zhangetal.2007):
P-tp(5,-CTCCCTAAGACTCAAGGAAG-3,)
BEDH(5,-GGGTGATCTATAGTGTTATGTCC-3,)
PCR扩增产物长度为750bp左右。
4.2性别鉴定分子标记
优先使用大熊猫锌指蛋白基因(ZF)PCR扩增引物(Xuetal.,2009):GTf,5’-CAAGGATTTCCATGTAGCAGT-3’;
GTr,5,-ACTCTCCACAATGTCTACGGT-3,
DB51/T2404—2017
2
如果用上述引物对某些样品扩增困难,可采用以下2对引物进行组合扩增(Zhanetal.,2006;詹祥江,2006):
扩增Y染色体SRY基因的ZX1引物,产物片段大小210bp:
ZX1-F:5,-CTACATAGCCCCAACCCCTTTTC-3,
ZX1-R:5,-GGTTCTGGCCGCTGTCTCTACTAT-3,
扩增X染色体ZFX基因的引物,产物片段大小130bp,用于区分扩增失败与鉴定为雌性的情况:ZFX-F:5,-ATAATCACATGGAGAGCCACAAGCT-3,
ZFX-R:5,-CTCCTTTTTCCTTATGCACC-3,4.3微卫星标记
在进行圈养大熊猫和野生大熊猫微卫星相关工作时(包括个体识别、亲子鉴定、种群遗传管理、种群监测、种群遗传多样性评估、种群遗传档案等),统一推荐使用30个微卫星标记(附录A),其中1-15号为基本标记,16-30号为备选标记,可根据工作目标选用合适数量的微卫星标记。只有当基本标记不够用时,才使用备选标记。
5实验流程
5.1线粒体标记扩增
使用4.1规定的线粒体标记引物对每个DNA样品进行PCR扩增,各取PCR产物2-5μL,用浓度为1.5%的琼脂糖凝胶电泳来检测是否扩增成功,只有当PCR扩
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