2025年ATAC-seq数据开放染色质区域分析技能考核试卷.docVIP

2025年ATAC-seq数据开放染色质区域分析技能考核试卷

一、单项选择题（每题1分，共30题）

1.ATAC-seq数据分析的首要步骤是？

A.数据过滤

B.转录因子预测

C.信号量化

D.可视化分析

2.在ATAC-seq数据处理中，常用的过滤标准是？

A.读数数量

B.GC含量

C.Q值

D.以上都是

3.ATAC-seq数据中，峰位识别通常使用什么工具？

A.MACS2

B.SeQC

C.SAMtools

D.BedTools

4.峰覆盖度的计算通常基于什么？

A.峰内读数

B.总读数

C.染色体长度

D.A和B

5.ATAC-seq中，可及染色质区域的定义是？

A.峰覆盖度高的区域

B.峰覆盖度低的区域

C.峰内读数超过背景噪声的区域

D.峰外读数超过背景噪声的区域

6.ATAC-seq数据中，背景噪声通常如何估计？

A.使用未处理样本

B.使用空白对照

C.使用已知阴性对照

D.以上都是

7.ATAC-seq数据分析中，常用的归一化方法是什么？

A.TPM

B.FPKM

C.TMM

D.CPM

8.峰间距离的计算通常基于什么？

A.峰的中心位置

B.峰的起始位置

C.峰的结束位置

D.A和B

9.ATAC-seq数据中，峰的宽度通常如何定义？

A.峰的中心位置

B.峰的起始位置

C.峰的结束位置

D.A和B

10.ATAC-seq数据分析中，常用的差异表达分析方法是什么？

A.DESeq2

B.EdgeR

C.limma

D.以上都是

11.ATAC-seq数据中，常用的富集分析工具是什么？

A.GOseq

B.DAVID

C.KOBAS

D.以上都是

12.ATAC-seq数据中，常用的通路分析工具是什么？

A.KEGG

B.Reactome

C.GO

D.以上都是

13.ATAC-seq数据中，常用的聚类分析工具是什么？

A.PCA

B.t-SNE

C.UMAP

D.以上都是

14.ATAC-seq数据中，常用的关联分析工具是什么？

A.GCTA

B.PLINK

C.EIGENSOFT

D.以上都是

15.ATAC-seq数据中，常用的时间序列分析方法是什么？

A.DESeq2

B.limma

C.T-test

D.以上都是

16.ATAC-seq数据中，常用的空间分析方法是什么？

A.Giotto

B.CellChat

C.SCENIC

D.以上都是

17.ATAC-seq数据中，常用的互作网络分析方法是什么？

A.STRING

B.Cytoscape

C.MINT

D.以上都是

18.ATAC-seq数据中，常用的表观遗传修饰分析方法是什么？

A.BisulfiteSeq

B.RRBS

C.MeDIP-seq

D.以上都是

19.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域预测工具是什么？

A.HOMER

B.MACS2

C.GREAT

D.以上都是

20.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域可视化工具是什么？

A.IGV

B.UCSC

C.Kprezen

D.以上都是

21.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域富集分析工具是什么？

A.GOseq

B.DAVID

C.KOBAS

D.以上都是

22.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域聚类分析工具是什么？

A.PCA

B.t-SNE

C.UMAP

D.以上都是

23.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域关联分析工具是什么？

A.GCTA

B.PLINK

C.EIGENSOFT

D.以上都是

24.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域时间序列分析方法是什么？

A.DESeq2

B.limma

C.T-test

D.以上都是

25.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域空间分析方法是什么？

A.Giotto

B.CellChat

C.SCENIC

D.以上都是

26.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域互作网络分析方法是什么？

A.STRING

B.Cytoscape

C.MINT

D.以上都是

27.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域表观遗传修饰分析方法是什么？

A.BisulfiteSeq

B.RRBS

C.MeDIP-seq

D.以上都是

28.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域预测和可视化工具是什么？

A.HOMER

B.MACS2

C.GREAT

D.以上都是

29.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域富集和聚类分析工具是什么？

A.GOseq

B.DAVID

C.KOBAS

D.以上都是

30.ATAC-seq数据中，常用的可及染色质区域关联和时间序列分析工具是什么？

A.GCTA

B.PLINK

C.EIGENSOFT

D.以上都是

二、多项选择题（每题2分，共2