第七章系统发育与进化树.pptVIP

第62页，共93页，星期日，2025年，2月5日第63页，共93页，星期日，2025年，2月5日第64页，共93页，星期日，2025年，2月5日第65页，共93页，星期日，2025年，2月5日第66页，共93页，星期日，2025年，2月5日分子钟的发现对于进化研究有十分重要的意义。不仅能用于粗略估计各类群的进化时间，也可以用于构建进化树。进化树用来描述系统发育分析所推断出来的进化关系的分支图表称为进化树,包括分子进化,物种进化以及两者的综合第30页，共93页，星期日，2025年，2月5日分子钟与进化树我们已完全可以在分子水平上，通过比较蛋白质的氨基酸序列和基因的核苷酸序列，不仅在总体上肯定了传统生物学的结果，而且使种系发生树的描绘更精确，达到了定量化的程度。

第31页，共93页，星期日，2025年，2月5日进化树在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图形成为系统发育树(phylogenetictree)。通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树(molecularphylogenetictree)。第32页，共93页，星期日，2025年，2月5日进化树拓扑图形基于分子钟理论相关的核酸或蛋白反映一系列相关分子或生物如何演化或进化第33页，共93页，星期日，2025年，2月5日分支的末端和分支的联结点成为结（node），代表生物类群，分支末端的结代表仍生存的种类。

树可分为[[有根树]]和[[无根树]]两类。有根树是具有方向的树，包含唯一的节点，将其作为树中所有物种的最近共同祖先。有根树表示树上物种的进化顺序

无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能，树枝长短表示两个物种之间进化距离的远近。

第34页，共93页，星期日，2025年，2月5日进化树的种类第35页，共93页，星期日，2025年，2月5日构建进化树的目的构建进化树的目的是重塑物种（分类群）之间的进化关系，并以进化树的形式描述和展现：树的结点代表某个序列的来源物种，数的拓扑结构表现了各物种间亲缘关系的远近，树的分枝长度刻画了进化树距离的大小。根据进化树的拓扑结构可以研究生物蛋白质分子以及病毒、细菌以至大型哺乳动物等各种有机体之间的生物进化关系。通过进化树的支长长度可以近似估计分类群的分化时间。进化树的理论意义是在于它有助于了解物种的进化历史，为生物学中物种的分类提供可靠依据；实际应用价值在于它在预测DNA分子的高级结构、蛋白质、基因的表达过程、辅助药物设计、结构多序列比对等方面均有重要作用第36页，共93页，星期日，2025年，2月5日SARS病毒新在哪里第37页，共93页，星期日，2025年，2月5日构建进化树的步骤第38页，共93页，星期日，2025年，2月5日第39页，共93页，星期日，2025年，2月5日序列进化树的建立方法1建立数据模型（比对）2决定取代模型3建树方法三种建树方法：距离树、最大节约法、最大似然法4进化树有哪些信誉好的足球投注网站5确定树根6评估进化树和数据第40页，共93页，星期日，2025年，2月5日距离矩阵法(distance?matrix?method)是根据每对物种之间的距离，其计算一般很直接，所生成的树的质量取决于距离尺度的质量。距离通常取决于遗传模型。??最大简约(maximum?parsimony)法较少涉及遗传假设，它通过寻求物种间最小的变更数来完成的。???对于模型的巨大依赖性是最大似然(maximum?likelihood)法的特征，该方法在计算上繁杂，但为统计推断提供了基础。第41页，共93页，星期日，2025年，2月5日PhylogeneticTree进化树种类1、序列进化树，序列类似性比较，基于氨基酸相对突变率矩阵计算不同序列差异性记分。2、结构进化树，在构建序列树的基础上，通过蛋白质比较，多结构特征比较建立结构进化树。第42页，共93页，星期日，2025年，2月5日应用分析物种间的进化关系粗略估计各种属生物的分歧时间分析某蛋白家族或基因家族各成员间的进化关系预测同一家族中功能相当的成员第43页，共93页，星期日，2025年，2月5日查询下列序列CytochromeCoxidaseP00395humanP00397mouseP48659horseP18943chickP20386yeastO78681goldfishP20374honybee第44页，共93页，星期日，2025年，2月5日进化树建立软件第45页，共9