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2025-10-16 发布于北京
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系统发育树构建.ppt

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分子进化分析——

系统发生树的构建;分子系统发育分析;

;;第五页，共四十三页。;找到建树目的基因（基因组）

进行多序列比对;ClustalX（序列比对软件）

ModeltestMrModeltest(碱基替换模型筛选软件)

PHYLIP

MEGA

PHYML

PAUP

BEAST

Figtree(树形显示软件）

TreeView（树形显示软件）;Distance-basedmethods基于距离的方法

Unweightedpairgroupmethodusingarithmeticaverage(UPGMA)非加权分组平均法

Minimumevolution(ME)最小进化方法

Neighborjoining(NJ)邻位归并法

Character-basedmethods基于特征的方法

Maximumparsimony(MP)最大简约法

Maximumlikelihoodmethod(ML)最大似然法

计算速度

距离法最大简约法最大似然法

;第九页，共四十三页。;系统发育树建立方法;第十一页，共四十三页。;第十二页，共四十三页。;第十三页，共四十三页。;第十四页，共四十三页。;第十五页，共四十三页。;第十六页，共四十三页。;CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。ClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。

Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提;具体步骤;第十九页，共四十三页。;第二十页，共四十三页。;第二十一页，共四十三页。;第二十二页，共四十三页。;第二十三页，共四十三页。;第二十四页，共四十三页。;;第二十六页，共四十三页。;第二十七页，共四十三页。;第二十八页，共四十三页。;第二十九页，共四十三页。;第三十页，共四十三页。;第三十一页，共四十三页。;第三十二页，共四十三页。;第三十三页，共四十三页。;第三十四页，共四十三页。;第三十五页，共四十三页。;第三十六页，共四十三页。;第三十七页，共四十三页。;第三十八页，共四十三页。;第三十九页，共四十三页。;第四十页，共四十三页。;第四十一页，共四十三页。;第四十二页，共四十三页。;谢谢大家！