基于转录组测序的侧柏EST-SSR引物开发与鉴定分析.pdfVIP

第40卷第3期林业与生态科学Vol.40No.3

2025年7月FORESTRYANDECOLOGICALSCIENCESJul.2025

文章编号：2096-4749（2025)03-0239-08DOI:10.13320/ki.hjfor.2025.0027

引文格式：李锦秋，毕楷杰，王立成，柳俊明，李清泉，顾丽姣.基于转录组测序的侧柏EST一SSR引物开发与鉴定分析[J].林

业与生态科学，2025，40（3）：239-246.

LIJinqiu,BIKaijie,WANGLicheng,LIUJunming,LIQingquan,GULijiao.Developmentandidentificationanalysis

ofEST-SSRprimersforPlatycladusorientalisbasedontranscriptomesequencing[J].ForestryandEcologicalSci-

ences,2025,40(3):239-246.

基于转录组测序的侧柏EST一SSR引物开发与鉴定分析

李锦秋1-2，毕楷杰1-2，王立成，柳俊明，李清泉1.2，顾丽姣1.2

（1河北农业大学林学院，河北保定071000；2河北省林木种质资源与森林保护重点实验室，河北保定071000；

3河北省满城苗圃场，河北保定071000)

摘要：为了评价和利用侧柏种质资源，基于转录组测序技术，以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST一SSR引物，

并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本，评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。

结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器官、叶器官。叶器官中SSR重复类型大于茎器官、根器官。3

个器官中优势基序均为A/T、AG/CT、AAG/CTT。3个器官中10、15、18bp长度的SSR数量最多。60对

EST一SSR引物有效率为100%，多态性率为16.67%,不同引物PIC值的变化范围为0.322～0.722。利用

10对多态性引物扩增产物数据将样本进行聚类分析和遗传分析，并推测MC1半同胞子代有50%属于异交子

代，其余疑似为自交子代，在遗传距离为200时，异交子代群体和疑似自交子代群体被划分为13大类群。

关键词：黄叶侧柏MC1；转录组；EST一SSR；子代鉴定

中图分类号：S792.19文献标志码：A

DevelopmentandidentificationanalysisofEST-SSRprimersfor

Platycladusorientalisbasedontranscriptomesequencing

LIJinqiu-2,BIKaijie-2,WANGLicheng”,LIUJunming”,LIQingquan-2,GULijiaol-?

(1ForestryCollegeofHebeiAgriculturalUniversity,Baoding071000,China;

2HebeiProvinceKeyLaboratoryofForestGermplasmResourcesandForestProtection,

Baoding071000,China;3HebeiManchengNursery,Baoding071000,China)

Abstract:InordertoevaluateandutilizePlatycladusorientalisgermplasmresources,this

studydevelopedEST-SSRprimersbasedontranscriptome