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分子植物育种,2023年,第21卷,第7期,第2311-2317页
(
MolecularPlantBreeding.7,2311-2317
研究报告
ResearchReport
基于SLAF-seq技术的人参SNP位点开发及遗传多样性分析
赵海悦张浩逢世峰李政李舒欣许世泉*
中国农业科学院特产研究所,长春,130112
*通信作者,jlzjxsq@126.com
摘要人参(PanaxginsengC.A.Meyer)是五加科(Araliaceae)人参属(Panax)多年生草本植物,有“百草之
王”的美誉,具有极高的药用价值和经济价值。本研究通过特异性位点扩增片段测序技术(specific-locus
amplifiedfragmentsequencing,SLAF-seq)对72份人参种质资源进行了分子标记开发,通过测序共获得所有
样品的平均reads数为7823423,样本平均GC含量为40.49%,平均测序质量值Q30为93.25%。本研究的平均
测序深度为19.06x,通过生物信息学分析共开发了1489598个SLAF标签,其中多态性标签占578314个,
共获得1901215个SNP标记。利用开发的SNP分子标记将72份人参样品分为4组。特异性的人参SNP位
点开发和研究可为人参种质资源鉴定和遗传多样性分析提供理论基础。
关键词人参;SNP标记;SLAF-seq
SNPLociDevelopmentandGeneticBased
AnalysisofGinsengon
SLAF-seqTechnology
ZhaoHaiyueoPangShifengLiShuxinXuShiquan
ZhangHaoLiZheng
InstituteofSpecialWildEconomicAnimalsandPlants,ChineseAcademyofAgriculturalSciences,Changchun,130112
*Correspondinauthorxsq@126.com
DOI:10.13271/j.mpb.021.002311
DOI:10.13271/j.mpb.021.002311
Abstract
tGinseng(PanaxginsengC.A.Meyer)isaperennialherbofPanaxgenusinthefamilyAraliaceae.Itis
knownastheKingofherbsandhashighmedicinalandeconomicvalue.Inthisstudy,72ginsenggermplasm
resourcesweredevelopedusingspecific-locusamplifiedfragmentsequencing(SLAF-seq)molecularmarkers,
andatotalofMbreadsdata,allsampleswereobtainedthroughsequencing.Theaveragenumberofreadswas7
823423,theaverageGCcontentofthesamplewas40.49%,andtheaveragesequencingqualityvalueQ30was
93.25%.Throughbioinformaticsanalysis,atotalof1489598SLAFtagsweredevelopedinthisstudy,ofwhich
578314werepolymorphictags.Theaveragesequencingdepthoftagswas19.06x,and1901215SNPtagswere
obtained.Usingt
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