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Chem3D之MM2

这章讨论在使用可以计算的每个MM2力场。通过MM2菜单可以计算出你要的数据。

这章里的假定是你有势能表面与你的式样的形态有关联的方法的理解。最好用同样的菜单

“重复MM2运行直到计算有的MM2不可利用实行如果计算被实行，这项目的名字为了反应

那个计算变化。你可以用扩展.jdf选以前制作的MM2运行说文件的文件打开框

开.jdf文件将抬起在文件的范围内保存对种类合适的工作。下述内容是把在使用MM2

MM2力场的式样减少到最小的一般的过程。把根据MM2的分子的减少到最小强行弄菲

尔德，建造你想把减少到最小的式样。

你给类似MM2常数，中断值某一个进行变化，或者如果其他的参数用尽MM2力场，请

用参数桌子在进行任何变化之前做备用件。这将保证你能取回那个你需要的Chem3D运

算的值。最小的RMS斜坡为势能表面的斜坡指定收敛准则。也许最小运行已经在势能表面上

碰触到了地方的最低限度，并且，最小运行终止。

展览每个重述将把重大的百分比加到被要求把结构减少到最小的时间上。如果你想把每个个

重述象结构那样为较晚的重新实行保管运行记录的每重述。这决定是否你想追踪给信息

任意选择使用拷贝量度的量度。

在这里被显示的词的值近似，能轻微地放在被用来计算他们的种类的处理器变化。另

外，，注意到实际的专栏里的由两个平面构成的角度成为0——显示制约被强加——。在全

球的最低限度和过渡状态之间的上的差异是和文学值一致地是的2.73kcal/克分子。进一

步图解关于最小运行的点，从给由两个平面构成的角度的最适当的专栏中除掉值，做选择把

菜单从MM2减少到最小。如果最小运行完整，你将注意到你在0度静止。这是用来和MM2

把再一次减少到最小。

例子：

比较Cyclohexane的2稳定的形态：-小船形态，并且椅子全球最低限度。从文件菜单

的，做选择为了制作空的式样窗新。在替换文本柜和双在典型的窗打字“CH2(CH2)5”。

在减少到最小之前，使用将精炼式样的清洁的朝上的结构指令。这将一般地改善到最小的

点的MinimizeEnergy命令的能力。从工具菜单，选简洁的朝上的结构。从MM2菜单，选

MinimizeEnergy...留下不履行，单击运转的钮。当最小运行完整的时候，reorient在用旋

转棒来看最终的椅子形态的式样。在这里被显示的词的值近似，能轻微地放在被用来

计算他们的种类的处理器变化。如同你能从贡献能看见，合计的那样，这形态大约5.5

kcal/克分子比-小船的形态稳定。确定式样的全球的最低限度的地点能是难的作业。

就这个例子来说，我们知道地方，而且最低限度好象是什么，所以，得到为了减少到

最小开始形态是非常更简单的作业。如果你不知道最低限度是什么，并且你的分子的规模

是否是大，做指示的很多的可能的最小限度，一些其他的方法为最小运行确定有可能的开始

的几何的地点需要。用大的栅栏接近这分子l的空间的1条方法实行分子式的力学模拟。

总之这因此增加的足够克服力场的疏远的过渡状态的，把分子加热。

为了图解这，cyclohexane例子在有关分子式的力学的一部分中进一步被讨论。

另一个寻找空间结构的方法是通过MM2的由两个平面构成的使用是.分子式的力学...如

同式样温度增加，或者减少的那样，加上或者减去的，分子式的力学用Newtonian

技工来做原子的的模拟实验。

你使用的典型的显示器型将影响分子式的力学计算的速度。

式样显示器将使速度按下列顺序减少：

电线Frame刺并且，Ribbons分隔开的圆筒形的公债装满的Sticks和VDW加上点

在表面上。把式样（或者碎片），使用的MM2或MOPAC的减少到最小。你想追踪模拟

里的特别的量度，选适当的原子，从目的菜单适当地选放的公共角度和放的公共长