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不同地理环境下柴胡土壤细菌群落结构分析
目录
内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1.1柴胡资源现状与价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.1.2土壤微生物生态学研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.1.3地理环境对土壤微生物的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.2国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
1.2.1柴胡土壤微生物研究概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
1.2.2地理环境对植物根际微生物的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
1.2.3微生物群落结构分析方法进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
1.3.1研究目标．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
1.3.2研究内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
1.4技术路线与研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
1.4.1研究区域选择与样品采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
1.4.2土壤样品处理与微生物基因组DNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
1.4.3高通量测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
1.4.4数据分析处理方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
2.1研究区域概况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
2.1.1地理位置与气候特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
2.1.2土壤类型与理化性质．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
2.1.3植被状况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
2.2样品采集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
2.2.1样品采集方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
2.2.2样品前处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
2.2.3DNA提取与纯化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
2.3实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
2.3.1高通量测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
2.3.2数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
3.1土壤样品理化性质．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
3.2柴胡土壤细菌群落结构特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
3.2.1门水平细菌群落组成．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
3.2.2属水平细菌群落组成．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
3.2.3不同地理环境土壤细菌群落差异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
3.3柴胡土壤细菌群落多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
3.3.1Alpha多样性指数分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
3.3.2Beta多样性指数分析．．．．．．．．．．．．．．
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